由於臺灣處於政治轉型的關口，在原有體制為內閣體制下，對於民主的推動，行政院長也成為重要關鍵。因無法與李煥共事，且經歷「二月政爭」，當選總統後的李登輝，決定更換行政院長。
但在獨裁遺留的體制下，能否順利更換行政院長，仍有諸多困難。於是考慮由郝伯村接任。為使臺灣能走上民主道路，李登輝，還需打破過去軍隊為派系攏斷的現象，使軍隊國家化。
雖然郝伯村已破例做過八年的參謀總長，在總長任內，他不只長期控制軍隊，擁有龐大權力與財源，且控制國軍升遷的管道。但 77年（1988）初上任的李登輝為穩定軍心，不顧輿論批評，仍留任郝伯村一年。
直到 78年（1989）12月在蔣宋美齡以國家安全為由，期期以為不可調動 下，李登輝仍讓郝伯村轉任至表面高昇，卻不直接掌控軍隊的國防部長。至於留出的參謀總長空缺，李登輝亦不顧郝伯村意見，以「再優秀的人都不可破壞制度，倘 若整個軍方只籠罩在郝伯村一人的戰略思維下，未有更寬廣的治軍視野，這才是對國家安全的戕害。」他按三軍輪調方式，由陳燊齡接任。（一三四 70頁）
二八一、《噶瑪蘭廳誌》，陳淑均輯。
二八二、《淡水廳志》，陳培桂著，同治10年（1871），臺灣銀行經濟研究室編輯，臺灣文獻委員會出版。
二八三、《明清臺灣檔案彙編》。
79年（1990） 8月就在李登輝召開國是會議後，為爭取憲政改革的機會，在保守勢力環視下，投其所好，籌組「國家統一委員會」，簡稱「國統會」。原來截至 76年（1987）開放兩岸探親以來，臺灣始終秉持著蔣經國，對共產黨「不接觸、不談判、不妥協」的「三不」政策。但開放探親政策施行後，仍能秉持此「三不」政策。
因此在李登輝主領下，總統府副秘書長邱進益，就規劃出所謂「三層接觸架構系統」。以「國統會」負責決策，「陸委會」負責執行。
同時為避免行政單位與中國直接接觸，該年 11月，在陸委會下，並成立象徵民間機構的「財團法人海峽交流基金會」，簡稱「海基會」，以辜振甫為董事長，做為兩岸接觸的機構。至於該基金會董事，因堅持只給民進黨一席，遭民進黨拒絕。
由於李登輝為取得國民黨高層的認同，一再拒絕民進黨主張，將國統會更名為「自由民主統一委員會」的建議。這件事終引起民進黨內，新潮流對美麗島系的批判，因其附合「統派」李登輝召開國是會議。
三二一、《臺灣新希望年》。
三二二、（《中國大陸經濟發展的困境與挑戰》，林祖嘉，http：//www.npf.orgtw, 二○○六年十月二十三日。
三二三、《「積極開放、有效管理」政策說明》二○○二年十一月七日。
中共對臺政策表面雖說和平統一，事實卻是不停以武力威嚇臺灣。尤其在 71年（1982）中國與雷根簽訂不利臺灣軍售的「八一七公報」，鄧小平就說中共有力量封鎖臺灣海峽，胡耀邦也說中共從未承諾不對臺用武。
為此 74年（1985）美國國務院立刻針對胡耀邦談話發表聲明，表示「八一七公報」是建立在和平解決臺灣問題上的。美國參眾兩院也要求行政部門，對臺售予更先進武器。並通過為國務院反對的「臺灣前途」修正案。此法案重申美國希望臺灣問題和平解決，不受外來威脅。
但中國國務院國際問題專家宦鄉，卻又說臺灣問題倘二、三十年內不解決，就要考慮用武。而且中國國家主席李先念受邀訪問美國，也說過中共從未承諾不對臺用武。
但後來蘇聯戈巴契夫上臺，他的民主改革「新思潮」，使得世界所有獨裁國家為之驚恐。79年（1990）6月中國發生震驚全球的天安門事件，讓許多同情中國的民主國家，紛紛停止中國投資。中國經濟蒙受嚴重打擊。該年8月中東又發生伊拉克侵略科威特事件，引來波斯灣戰爭。
美國的先進武器使一向自負的中國感到震驚，李鵬一改過去狂言，反稱中國需要「臥薪嘗膽」。並改變社會主義四個現代化推行次序，把科學技術調到最前頭。而在湖南視察的江澤民也說：
三六一、「馬英九危機？市民危機」，莫滑秦，《南方快報》，二○○三年十月九日。
三六二、「北銀富邦合併案不合常理」，黃天麟，《南方快報》，二○○六年十一月四日。
三六三、《台獨大老罷官抗議陳水扁反覆》，BBC記者楊虛瑜，二○○五年三月一日。
80年（1991）4月臺灣宣告終止「動員戡亂時期」，並召開第一屆國 民大會第二次臨時會制定修憲條文。該年 8月，臺大教授張忠棟、陳師孟、張清溪及劉俊秀等公開加入民進黨。
為了彰顯民進黨對憲政看法，8月底召開了制憲會議，會議後提出廢除國民大會及監察院，並 提高立法院職權採單一國會制，司法獨立，且主張總統直接民選為全國最高行政首長的「總統制」，將目前實施的五權分立體制改為三權分立，同時對於憲法總綱的 國名，則以「臺灣共和國」稱之。
不僅如此，對於國民黨政府過去違反人權，以刑法一百條濫捕國人，在有識之士都主張廢除下，李鎮源、陳師孟及臺教會等團體，因此會商成立以廢除刑法一百條為目標的「一○○ 行動聯盟」，80年（1991） 10月 8日他們遊行至總統府遭憲兵歐打後，轉至臺大醫院準備長期靜坐抗議。不料，卻在 10日深夜被進入校園的軍警強制架走。
雖說民進黨在 80年（1991）底選戰失敗，卻成為凝聚臺獨力量的測試。可說該年以前，贊成臺獨民意測驗為百分之 17。但到82年（1993）辜汪會談則昇至23點7。（三一23頁）臺獨勢力開始隨著國外臺獨份子回臺，以及民進黨的壯大而擴大。
四○一、《國民黨內爆料》，王寓中、劉力仁，自由電子報，二○○六年十二月十九日。
四○二、《郭台強幫忙中影二度易手》王寓中、陳璟民、施曉光，自由電子報，二○○六年四月三十日。
四○三、《大話新聞》，1、2007/1/6。
80年（1991）5月雖說郝伯村推舉陳履安出任國防部長，但為鞏固軍 中勢力，郝伯村經常主動到國防部召開軍事座談會，引起陳履安不滿向李登輝埋怨。加上郝伯村經常傳喚非轄屬的參謀總長到行政院也引起怨言。
這些動作李登輝雖 未採取任何行動，但到 7月立委葉菊蘭突然在立法院，公開質詢郝伯村私下於參謀本部召開軍事會議，破壞憲政引起全國譁然。
民進黨醞釀提出不信任案，要求撤換行政院長，行政院與立法院關係劍拔弩張。而行政院也將可能是國防部提供給葉菊蘭的質詢內容，誤以為總統府主任蘇志成提供，目的是打擊郝伯村。加上事件發生後，總統府發言人邱進益對外發表：
「每一個人都應該對國家效忠，這是一個新方向，我們做任何事情不要看個人而要看國家。」（一三四 96頁）將郝伯村軍事會議視為個人問題引起郝伯村不滿，雙方關係緊張。
歐洲德國，雖分裂為東西德參加聯合國，並無損於德國的統一。有了這個模式，80年（1991）中共也同意讓南北韓分別加入聯合國。促使臺灣民間也興起「重返聯合國」運動，恰好當時國民黨立委黃主文，在立法院提出「建議政府於適當時機以中華民國名議重返聯合國」，並獲立法院同意。表面上臺灣加入聯合國，雖有國名不同主張，似已凝聚人心，應有所作為。
但因政府內部問題，加上立法院僅同意而不督促，致使提案如同短暫濺起的漣漪，無疾而終。最後僅存呂秀蓮結合少數民間團體，在全國皆不看好情況下，繼續摸索前進。呂秀蓮，桃園縣人，臺大法律系畢業後，留學美國取得哈佛碩士，回國後任職行政院法規會科長。
60年（1971）因發表一篇《傳統男女角色》，成為臺灣婦女運動的推手。她的「新女性主義」主張，在社會上雖褒貶互見，但為提昇婦女地位卻有直接貢獻。後來當她第二次留學美國時，不料，家鄉卻發生聞名海外的「中壢事件」。
後來又得知美國卡特總統，即將實踐他的競選諾言，與中共建交消息，在此國難時期，使呂秀蓮感受到她的歷史任務，須為臺灣付出心力。在她的指導教授孔傑榮鼓勵下， 67年（1979） 毅然回國，並投入該年底的中央民代選舉。
這次選舉後來雖因中美建交而停辦，但已使呂秀蓮成為黨外的一員，且在黨外創辦的《美麗島雜誌》成為副社長，這也使 她在美麗島事件發生後，成為階下囚，被判刑十二年，褫奪公權十年。直到蔣經國逝世後的該年 3月，才得在她的老師孔傑榮和國際特赦組織的協助下，假釋出獄。
