80年（1991）4月臺灣宣告終止「動員戡亂時期」，並召開第一屆國 民大會第二次臨時會制定修憲條文。該年 8月，臺大教授張忠棟、陳師孟、張清溪及劉俊秀等公開加入民進黨。
為了彰顯民進黨對憲政看法，8月底召開了制憲會議，會議後提出廢除國民大會及監察院，並 提高立法院職權採單一國會制，司法獨立，且主張總統直接民選為全國最高行政首長的「總統制」，將目前實施的五權分立體制改為三權分立，同時對於憲法總綱的 國名，則以「臺灣共和國」稱之。
不僅如此，對於國民黨政府過去違反人權，以刑法一百條濫捕國人，在有識之士都主張廢除下，李鎮源、陳師孟及臺教會等團體，因此會商成立以廢除刑法一百條為目標的「一○○ 行動聯盟」，80年（1991） 10月 8日他們遊行至總統府遭憲兵歐打後，轉至臺大醫院準備長期靜坐抗議。不料，卻在 10日深夜被進入校園的軍警強制架走。
雖說民進黨在 80年（1991）底選戰失敗，卻成為凝聚臺獨力量的測試。可說該年以前，贊成臺獨民意測驗為百分之 17。但到82年（1993）辜汪會談則昇至23點7。（三一23頁）臺獨勢力開始隨著國外臺獨份子回臺，以及民進黨的壯大而擴大。
此外，民進黨也開始走出「臺獨」象牙塔，開始推行「福利國」落實公共政策，以博取臺灣人信任。同時也推出「公民投票」做為建國依據。
海外「臺灣獨立建國聯盟」也在許世楷號召下，開始「強制返鄉」。80年（1991）8月臺獨聯盟美國本部主席郭倍宏，闖關回臺被捕。三日後臺獨聯盟總部副主席李應元，也在臺北被捕。9月初總計有六十三位臺獨聯盟人士現身臺中天星飯店，召開在臺第一次工作會議。
會議後開始集結八千多人，以「舉行公民投票進入聯合國」、「郭倍宏、李應元無罪」為訴求，遊行至中山足球場過夜。第二日「九八大遊行」，傾盆大雨中集合萬餘人與警方對峙八小時。可惜遊行中與本土「臺灣建國組織」爭奪主導權，發生爭執，後在陳師孟安撫下方才化解。
此次遊行總統府竟派出秘書長等來接見，宣示政府對臺灣獨立運動的容許。該年十月民進黨準備在該黨的制憲會議，通過臺獨黨綱，引起朝野嚴重對峙。為求化解，國民黨秘書長宋楚瑜出面，邀請民進黨黃信介、張俊宏，陳水扁等人協商，民進黨遂同意提出臺獨黨綱修正案，以化解彼此間的對峙。
民進黨在隔日召開的五全大會，本對新潮流所提臺獨黨綱，可否決的美麗島系，因怕傷及許信良的黨主席選舉，且顧及黨內的分裂，故通過臺獨黨綱修正。以陳水扁提議「以公民投票方式，建立臺灣共合國」替代。
在該次大會中，黨主席雖由美麗島系許信良當選，但其餘中執委及中常委則由新潮流系取得多數。雖然民進黨已修改臺獨黨綱，但卻替代以「全民公投」，仍引起政壇震撼。國民黨以「禍國映民」嚴厲譴責民進黨。
82年（1993）1月，行政院政黨審議委員會，甚至主張以臺獨黨綱為由「解散」民進黨。但在民進黨主席的堅持下，政黨審議委員會只得以無限延期開會，才獲得解決。
80年（1991）12月，民進黨為彰顯國民黨漠視人權，配合國代選舉，於臺北、高雄兩地舉行盛大的「人權之夜」。使得臺獨聯盟，不只歐洲本部，中南美洲本部等臺獨聯盟要員相繼回臺。臺獨聯盟總部主席張燦鍙，也因闖關回臺被補。在國民黨嚴禁下，臺獨運動主張反成為臺灣步入民主的指針。
為此，民進黨更聯合臺灣六縣市，將臺獨政見刊登選舉公報上，結果引來上級選委會的行政恫嚇。但這六位縣市長卻不懼怕，反而共同發表聲明，決定辭去選委會主委職務。雖然這次選舉，民進黨遭到空前的挫敗，但此次選舉，民進黨仍有七十五人進入國大，黃信介成為黨團召集人。
81年（1992）11月底，臺獨聯盟日本本部主席黃昭堂返臺，幾乎所有海外臺獨聯盟成員都已回國。
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