80年（1991）5月雖說郝伯村推舉陳履安出任國防部長，但為鞏固軍 中勢力，郝伯村經常主動到國防部召開軍事座談會，引起陳履安不滿向李登輝埋怨。加上郝伯村經常傳喚非轄屬的參謀總長到行政院也引起怨言。
這些動作李登輝雖 未採取任何行動，但到 7月立委葉菊蘭突然在立法院，公開質詢郝伯村私下於參謀本部召開軍事會議，破壞憲政引起全國譁然。
民進黨醞釀提出不信任案，要求撤換行政院長，行政院與立法院關係劍拔弩張。而行政院也將可能是國防部提供給葉菊蘭的質詢內容，誤以為總統府主任蘇志成提供，目的是打擊郝伯村。加上事件發生後，總統府發言人邱進益對外發表：
「每一個人都應該對國家效忠，這是一個新方向，我們做任何事情不要看個人而要看國家。」（一三四 96頁）將郝伯村軍事會議視為個人問題引起郝伯村不滿，雙方關係緊張。
郝伯村的強烈性格，總統府與他溝通都覺困難，李登輝曾回憶「郝伯村參加了總統府高層會議後，對於會中的共識經常不予執行，回到行政院採取的是自已的一套。」（《李燈輝執政告白實錄》，九八頁）
而且在他任內將民進黨視同臺獨，由於堅決反對臺獨，故在立法院經常與民進黨產生極大衝突。在民間反對聲下，同屬非主流的林洋港，卻主張郝伯村仍應留任，他說：「從權力分配角度看，郝院長有四、五百萬票」。
直到 81年（1992）12月臺灣舉行首次的國會全面選舉，該次選舉，國民黨喪失許多立院席次，加上黨內中生代也不支持，使得郝伯村爭取續任行政院長產生困難。
82年（1993） 1月民進黨立院黨團推黃信介、張俊雄競選立法院正副院長，並要求郝伯村月底前總辭，否則將結合社會力量抗爭到底。而民進黨中常會，也推舉施明德、謝長廷、邱義仁等三人組成抗爭小組，要求郝伯村月底前總辭。
在此情況下，李登輝認為時機成熟，政府應該開始順應民意，建立立法院改選後，內閣總辭的憲政慣例。故而要求郝伯村提出總辭，但為郝伯村以沒經過中常會確認為由加以拒絕，閣揆總辭卻要由國民黨中常會來決定，反被李登輝斥罵：「沒有這回事。」（一三四99頁）
國民黨又陷入內鬥。
後來郝伯村又提出以林洋港為行政院長，邱創煥為黨秘書長為替代條件，都遭李登輝拒絕。82年（1993） 1月 30日國民大會第二次臨時會閉幕，朝野國代當著郝伯村的面高喊：「郝伯村下台！」刺傷郝伯村的自尊心，回到行政院即發表不再續任的聲明，同時遞出辭呈，使內閣總辭問題終告一個段落。
同年（1993）2月，民進黨針對「聯合內閣」問題，做出「依政策上的考慮才做聯合，但不依人事上的考慮做聯合」的決議。
不久後，李登輝接見民進黨立院黨團施明德等十五人，徵詢對閣揆人選意見，但民進黨自知人少，故僅就黨營事業開放民營、開放電子媒體、以臺灣名義加入聯合國等問題提出意見。2月23日，立法院行使閣揆同意權，連戰以一百多票出任閣揆。
李登輝讓臺灣省主席連戰，接續就任郝伯村的行政院長遺缺，對於臺灣省主席一職，李登輝原屬意內政部長吳伯雄或駐日代表許水德接任。後在連戰建議下，為消弭省籍意識，更改過去臺籍人士才能擔任的慣例，改由黨秘書長宋楚瑜接任，至於黨秘書長則由許水德擔任。
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