79年（1990） 8月就在李登輝召開國是會議後，為爭取憲政改革的機會，在保守勢力環視下，投其所好，籌組「國家統一委員會」，簡稱「國統會」。原來截至 76年（1987）開放兩岸探親以來，臺灣始終秉持著蔣經國，對共產黨「不接觸、不談判、不妥協」的「三不」政策。但開放探親政策施行後，仍能秉持此「三不」政策。
因此在李登輝主領下，總統府副秘書長邱進益，就規劃出所謂「三層接觸架構系統」。以「國統會」負責決策，「陸委會」負責執行。
同時為避免行政單位與中國直接接觸，該年 11月，在陸委會下，並成立象徵民間機構的「財團法人海峽交流基金會」，簡稱「海基會」，以辜振甫為董事長，做為兩岸接觸的機構。至於該基金會董事，因堅持只給民進黨一席，遭民進黨拒絕。
由於李登輝為取得國民黨高層的認同，一再拒絕民進黨主張，將國統會更名為「自由民主統一委員會」的建議。這件事終引起民進黨內，新潮流對美麗島系的批判，因其附合「統派」李登輝召開國是會議。
不僅如此，李登輝甚至在 80年（1991）2月，聽信國統會委員的建議，制定讓黨外氣結的「國家統一綱領」，簡稱「國統綱領」。這個沒有規定完成時效的「國統綱領」，李登輝曾私下商得康寧祥同意，期望他能以臺獨論點強力杯葛，使「國統綱領」的最後目標，始終停留在兩岸的關係上。
康寧祥為避免黨內責難發表「我的決定」。以為若欲確保臺灣主權獨立於中國之外，應採逐漸方式，「國統會」將是過渡努力目標，故決定以個人身份參與國統會委員。
使得黃信介不得不聽從民進黨內中常會意見，停聘康寧祥的顧問身份。同時對外表明康寧祥在國統會所作所為，皆與民進黨無關。
同時為反制「國統會」，落實民進黨對臺灣主權的主張， 79年（1990）10月，成立了「臺灣主權獨立運動委員會」。以黃信介為主任委員，江鵬堅為執行長。12月25日，更發起以「臺灣主權獨立」為訴求，由中正紀念堂遊行至國父紀念館遊行。
該年底，並由國是會議在野聯盟，包括黃信介、田弘茂、吳豐山、鄭欽仁、許信良及陳永興等人，成立跨黨派的「保衛臺灣委員會」，並決定在不久後召開憲政會 議。而海外臺獨人士蔡同榮，也在國統會成立不久，發起「公民投票促進會」召開大會，主張以臺灣住民投票方式，決定臺灣重要事務，憲政改革以及臺灣前途。
80年（1991）4月，繼終止「動員戡亂時期」後，也廢除「臨時條款」，兩岸終能停止敵對。在此情況下，李登輝認為須根據該年3月5日，公佈實施的「國統綱領」，重新考慮與中國的關係。
於是 81年（1992）制定「兩岸人民關係條例」，規劃兩岸人民往來外，並推翻過去「漢賊不兩立」政策，承認大陸為事實的政治實體，提出臺海兩岸為兩個「對等政治實體」。
就在兩岸人民往來頻繁，兩岸事務性問題，在在需要兩岸坐下協商談判。這時主張「一個中國」為談判原則的中國，卻不接受臺灣以兩岸為「對等政治實體」建議。
為遷就現實，國統會因而有內涵為「兩中各表」的「一個中國，兩個對等政治實體」論訴。但這個後來常被誤解為「一個中國」的共識，卻是促成兩岸相隔四十多年後的第一次談判。
82年（1993）3月，在民進黨反對，僅以國共兩黨進行政治談判下。海基會董事長辜振甫和海協會會長汪道涵，在新加坡舉行的「辜汪會談」，已達成了許多包括兩岸文書認證等協議。對臺灣而言，在國際注目下能與中國對等談判，「辜汪會談」成為值得慶賀的成功案例。
有了「辜汪會談」經歷，李登輝進一步想達成與中共簽訂「和平協議」。事實上，像「辜汪會談」這種正式談判，都是經過兩岸多次秘商達成的。
為使「和平協議」能夠簽定，李登輝委請新加坡前總統李光耀幫忙，並指示蘇志成辦理。
他以兩岸共同合辦彼此之國際航運，誘使中國簽訂「和平協議」。但中國皆以「這是國與國之間的行為」加以規避，雖然如此，兩岸私下的協商仍是平和的。
84年（1995）除夕江澤民發表對臺所謂「江八點」的一個中國政策。在中國期望得到臺灣善意回應時，李登輝即在國統會議上以「李六條」回應。就在雙方保持善意接觸時，不料 84年（1995）李登輝在美國母校康乃爾大學邀約，前往美國發表演說。
原本已取得雙方認同的訪美行為，卻因中共軍方反對，江澤民不得不改弦易轍，不只取消原擬舉行的第二次「辜汪會談」。且李登輝訪美事件後來竟演變成威嚇臺灣的「導彈事件」，因而停止雙邊談判，這是始料未及的事。而兩岸間談判，直到 87年（1998）才又恢復。
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