臺灣人民情緒幾乎要爆發，有人寫信給美國使館說：「當光復之初我們拍手歡迎蔣主席。但是現在我們的處境就如同趕走了一條狗，卻引進了一條豬。」（一七三 220頁）
為安撫不滿情緒，陳儀於 35年（1946）3 月舉行臺灣第 1次地方選舉，選出 532名地方議員，再從議員中選出 30位省議員， 5月如期召開省議會，黃朝琴在陳儀運作下成為議長。此次省議會開議，成為臺灣人對陳儀政府不滿出口，臺灣人以為有了省議會，憲法實施必能成為民主地方，他 們對即將公佈的憲法期盼過深，以致忘了正處虎口。
果然 12月重新召開省議會，陳儀全面删掉第1次會議的決議案。無獨有偶，省議會結束不久中國通過憲法，預定 36年（1947） 12月 25日實施。
隔年 1月陳儀卻宣佈新憲法不適用於臺灣，理由是「因為中國人民較先進，所以才能享有憲法的特權，臺灣人民由於受日本長期專制統治，政治意識退化，故不能以理智 的態度來實行自治。」不只如此為安插親信，繼上述宣佈後 2天，又以「經濟理由」，將政府任職的 20％臺灣人予以解僱。（一七三 242頁）
所謂星星之火可以燎原，陳儀為攏斷臺灣經濟突然宣佈實施專賣制，將臺灣許多民生物資以專賣名義完全壟斷，暗中輸往上海圖利。致使仰賴這些買賣維生的小民，只好用走私方式私賣違禁品。
「冰凍三尺，非一日之寒。」惡政必帶來反抗，終於引爆臺灣史有名的「二二八事件」。
36年（1947） 2月 27日傍晚，販賣私煙的寡婦林江邁，為緝私官傅學通捕獲，竟以槍托擊傷該婦，並射殺路見不平的路人陳文溪。
消息傳來， 2月 28日引起民眾譁然，久積民怨，興起民眾抗議，開始毆打「外省人」。不料就在省政府抗議途中又發生政府槍殺手無寸鐵民眾，造成 4死 2重傷，繼而報導事件的廣播電臺爆炸，事態嚴重，該日下午 6點宣佈戒嚴。
陳儀當時的臺灣兵力，參與接收的 62師及 70師都因抗共先後調回中國。「二二八事件」發生，根據後來國防部報告，「駐臺部隊只有整編21師的1個團、1個工兵營、和 3個要塞守備大隊，總兵力不過 5,251名」。
當時臺灣人組織，光是臺北就有臺灣民主聯盟、愛鄉青年團、人數 5萬人以上的學生自治同盟、以及海南島歸臺者同盟、臺大醫生郭琇琮、許強、以及新生報記者吳思漢等人領導的學生聯盟、興臺同志會、臺灣人警察為基幹的臺灣 省警政改革同盟、青年復興同志會、若櫻敢死隊、臺灣省政改革委員會、及臺灣省自治青年同盟等人數眾多。
若是臺灣人團結，恐怕陳儀政權早就不保。但臺灣人思 維是矛盾的，期盼回到「祖國」心情下，將陳儀腐敗歸究於陳儀個人行為，他們不了解蔣介石鬥爭思維，除非有共產黨「四一二」慘痛經驗，沒人理解蔣介石統治是 滲合欺騙和剝削。中國抗戰中人民生活塗炭，蔣宋孔家族卻可成為「全球富翁」。
陳儀在福建班底，正是上海黑幫與日本勾結的貿易組織，其組成原非陳儀所能控制，陳儀順服剛好滿足他們的需要，所以成為繼續在臺剝削的領導。世人看到的表 面，就像蔣介石說汪精衛是個叛國賊，但李敖在《蔣介石評傳》卻舉很多證據，指出真正叛國者是蔣介石，汪精衛只是傀儡。
現在他們又要聯合起來重施故技，因軍力不足， 3月 2日接受臺灣人代表提議，答應政治協商不派軍隊來臺北。答應學生自願團體，配合市長及市警局的青年團維持社會秩序。
答應重新擬妥基本改革，在 3月 10日前提出研議。而且，對中山堂召開的「二二八處理委員會」，陳儀要求「委員會」要有商會、工會、學生團體、社團、及臺灣政治重建協會等重要代表與會， 企圖一網打盡的意圖甚明。不料，當晚就被發現陳儀背信，南部派來軍隊因新竹市民機警破壞鐵軌，被阻隔在新竹。
3月 3日台北市「二二八處理委員會」派出代表到美國領事館請願，要求糾正不實報導。警備總司令柯遠芬則答應委員會七點要求，除恢復交通、撤出部隊，答應處罰擾 亂秩序的軍人，更強調不調兵北上。二二八受害最大的「忠義服務隊」在該日成立。這個服務隊，原是熱心青年和學生為維持社會秩序組成，不料部份人士為 CC派滲透，成為兩邊破壞日後「處理委員會」被指責把柄。
3月 4日因應全臺不滿情勢高漲，臺北中山堂聚集 1千多人，聆聽委員會與政府代表討論，同意各地普設處理委員會分會，由議會及傑出人才選出維持社會秩序。要求解除街上士兵武裝。更重要是向中國政府解釋 「臺灣人民只是要求省行政公署的改革，別無其他用意。」（一七三 270頁）這天臺灣上空，出現蔣介石簽名空投，允諾起義者停止抵抗則不採取鎮壓的傳單。
3月 7日，臺北處理委員會，包括陳儀政府代表、林宗賢、林詩黨、呂伯雄、駱水源、李萬居等在中山堂通過主席王添灯起草的「32條要求」，希望以和平方式展開與 政府對話。「32條要求」內容，希望保障臺灣人言論、出版、結社、罷工等基本人權。期許能給予臺灣自治，選舉臺灣人治理臺灣，解散警備司令部，要求駐守臺 灣軍隊以臺灣人編組。
對於王添灯廣播中說「解散警備司令部」和「臺灣軍隊以臺灣人編組」，在戰場上從未有戰功的柯遠芬聽後，高興得雀躍不已，認為他已握有 「處理委員會」叛國證據，他說：「我們苦守八日，今天才爭得主動，黑暗的日子快去了，光明就在眼前。」（二九五 255頁）
3月8日從華北緊急調入兩師，展開血腥鎮壓，誘殺其口中的「暴民」。莊嘉農在《憤怒的臺灣》如此描寫當時屠殺，他說：
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「二二八事件」被累及冤枉不計其數。陳儀手上有一名單，像楊肇嘉、林益謙、林迺敏、許建裕等，過去向美國領事館求援名單，是經由美國大使司徒雷登的中國秘書傅涇波洩露出去的（二四三 315頁）。
美國副領事柯喬治事後承認，他到中國才發現大使的秘書是中國人，他說：
「這在美國外交史上可能沒有前例，他只對蔣介石負責，並不對美國政府負責。他可能私下看過大使館辦公桌上最機密的文件，也可能看到向我們求援的臺灣領袖的秘密名單報告，那些人的確在國民黨軍隊抵達後，第1批遭受捕殺的犧牲者。」（一七三 315頁）
3月 20日，等 21師全部抵臺，開始以「綏靖清野」對臺灣精英展開第 2次撲殺。國防部長白崇禧晚年記憶，當時柯遠芬曾下撲殺命令：「寧可錯殺 99個，只要 1個是真的就可以。」柯遠芬又引用列寧的話，說：「對敵人寬大，就是對同志殘酷。」（二九五 289頁）
對出賣臺灣人的「半山」，吳濁流批評說：
「背叛本省人的半山們，他們雖有種種派別，不過在打倒本省知識階級，以求自已的飛黃騰達，卻是一致的。」（八一 193頁）
這種屠殺遠似秦始皇焚書坑儒，蔣介石在臺灣準備以愚民政策，做為日後專制統制的意圖甚明。像這樣一邊以回歸祖國心情盼望被憐惜，一邊則以奴化的殖民地不能被信任，且在政府恐共心情下，展開一連串對臺滅英行動。83年（1994）時任臺灣行政院長俞國華，在立法院發表對二二八感言，他說：
「二二八事件」影響，使臺灣人從回歸祖國的懷抱覺醒，他們開始注意與中國的不同。發現不管文化、思想和做法都存在很大差異。事實上，從平埔族人蛻變的臺灣人，只熱衷民主政治，並不熱衷民主本質的改善。可從後來李登輝和陳水扁主政時民主表現看出，其要求的政治說穿了只想回復 400多年前，以角頭為主多種族群並存的地方勢力。
這種遺傳自平埔族，臺灣內部分裂族群的原始個性，是可以透過教育文化修正，卻無法經由只承認中國文化的教育內容來完成。不管如何，屬於臺灣民主政治要求，已被獨裁者蔣介石扼殺，「二二八」事件，讓更多的人必須重新思考臺灣出路。
雖說 32年（1943）年 11月，中美英三國共同發表「開羅宣言」，指出：
37年（1948）對蔣介石是極具戲劇性變化的一年，該年4月在中國共產黨和民主同盟反對下，宋慶齡退選，終使蔣介石當選為中華民國總統。繼去年8月魏德邁提出羞辱蔣介石腐敗的「魏德邁報告」，中國開始嚐到經濟和軍事敗績。首先是經濟上失敗， 37年（1948）初廣州有二十八萬人沒有工作，青島 1,500個企業有 1,200個關閉，全國中小企業陸續倒閉，直到 8月中國 60％〜 80％的公司倒閉關門。（二四三307頁）
尤其通貨膨脹打擊更大，從抗戰到目前，總計物價上漲 3,492萬倍，百姓無法生存。（二四二754頁）可笑的是，就在經濟危機以宋子文為首的財經團體，仍在大玩經濟賄賂軍閥的官僚遊戲。
32年（1943）為抑制中國早期濫印債券和貨幣，從 27年（1938）起短短四年，引發高達2倍多的通膨，商得美國同意借黃金以為抑制。但黃金未運來，宋子文迫不及待開始黃金期貨交易發行「黃金債券」，意味著黃金運到後即可持債券換回黃金。但當兌換時，他又將期貨改為黃金存款。
蔣介石不只經濟失敗，軍事也失敗，誠如徐詠平在《陳布雷先生傳》敘述的：
「 1月 9日，瀋陽淪陷，以後東北漸失，華北震動。
3月，山東、河南激戰。
4月，陝北匪軍南犯。
5月，泰安失陷。
在此背景被任命臺灣省警備總司令的陳誠，不惜採用高壓手段治臺。38年（1949）2月，為防止臺灣聯外勢力與共產黨假借難民身份來臺，頒佈「軍公教人員及旅客入境暫行辦法」，將同情臺灣、主張臺獨或主張臺灣託管的外國人排除於外。並對中國來臺人士，採取先審再入境辦法管理。
5月 20日再以中國戰亂為由，將 37年（1948）12月中國頒佈實施的「戒嚴令」，以「確保治安秩序」為名，擴大實施於臺灣。與之同時頒佈的還有「動員戡亂 時期臨時條款」，對國民大會、立法院和監察院等國會，應如期選舉也中止，以 36年（1947）選出的第1屆代表予以無限延期。
在此制度下，選舉已不復存 在，雖說仍有自由地區的臺灣，及海外少數名額可選，但在「戒嚴法」下，這些名額也幾成御用的棋子。使蔣介石在臺灣統治，其能控制的國會議員始終維持在 90％以上席次，得以制定各種違反人權的獨裁政策。
此外，為徹底箝制自由，6月公佈「懲治叛亂條例」，主要內容除對叛亂份子處以極刑，沒收財產， 對任意參加集會、結社、遊行，隱匿叛徒者或資助叛徒予以金錢、資料或嗾使遊行對治安及金融有攪亂妨害者，皆可處以無期徒刑或10年以上有期徒刑。散佈謠 言、傳播不實消息、或以文字、圖書、演說有利於叛徒之宣傳者，可處7年以上有期徒刑。
引退的蔣介石，不顧李宗仁反對，驅使蔣經國到上海，命令中央銀行離職總裁俞鴻鈞，由吳嵩慶負責將政府黃金運往臺北。78年（1989）出版的「上海黨史資料通訊」記載，除銀元和美金，黃金共有 277.5萬餘兩。李宗仁則稱運臺的黃金、銀元和美鈔「總計約5億美元。」（二四二 772頁）
許多人以為臺灣經濟所以成為亞洲 4小龍都拜這批黃金所賜，殊不知這是錯誤說法，黃金早被蔣介石盜光，還大言不漸說是蔣介石建設臺灣神話。當時負責搬運黃金就是吳嵩慶，他指定親信機要秘書詹特芳隨行押送。
詹特芳良心發現，他在〈蔣介石盜取黃金銀元及外幣的經過〉現身說明蔣介石盜取黃金經過。
吳嵩慶到底是什麼人，詹特芳接著介紹：
「吳嵩慶是浙江省海縣人，法國巴黎大學畢業，由於懂外語，抗戰時曾在航空委員會搞過秘書、財務處長等職務，這樣就與侍從室及宋美齡等拉上了一點關係，以後在中訓團高級黨政班受訓。
總之，吳是一個內線的人，對外沒有什麼太大的名氣，地位也並不算高，但是他卻可以通過侍從室的關係，與蔣本人搭上鉤，當然也決不會為桂系（李宗仁）拉去。
蔣規定：所有這些硬通貨，全部由蔣本人親自掌握，吳對蔣個人負責，有關開支調運及分配等事項報告，直接送蔣本人親批，不由任何人轉，發款一定要見到蔣本人親筆批條，才能辦理。」
38年（1949） 4月 21日共產黨終於渡江南下，兩日後南京失守，美國大使司徒雷登返美，結束中國的大使任務。5月 25日共軍攻入上海，蔣介石乘「靜江號」軍艦，逃抵達澎湖，不知臺灣是否安全，
等孫立人上機表示效忠，乘機往孫立人駐地的高雄，再探情勢轉來臺北，抵台不久對外發表：
「如我們 4個月內不返回上海，我將不成功便成仁。」（二四三 334頁）為了不讓人嘰笑落草為寇，將居住的「草山」，改名為「陽明山」。
33年（1944）蔣介石因應日本攻擊，重慶岌岌可危，發動「 10萬青年 10萬軍」號召青年從軍，蔣經國捉住機會指示書記蔡希曾，通過團組織讓中央幹校研究部學生參與，當時學生包括李煥、王昇、楚崧秋、易勁秋和潘振球等在內共 約 100人。
為訓練這些青年軍，蔣介石打破軍訓部訓練傳統， 34年（1945） 12月成立以蔣經國為主任，簡稱「政工班」的「青年軍政工幹部訓練班」。
第 2年政工班結業，即成立青年軍總政治部。使新成立的 9個師，陳誠捉了軍，蔣經國緊扣軍中政治部。雖然蔣經國資歷尚淺，政治部以復興社為主，他卻捉緊師副主任以下幹部，依俄國經驗，開始部隊佈建秘密組織。
這些抗日組成的青年軍，後來成為蔣經國嫡系部隊，蔣介石為保存其實力，一再以編訓為由，拖延抗日直到抗戰勝利。
幸而 40年（1951） 6月美國撥款 4千 1百萬美元挹注外匯， 39年到 41年又援助 1千 6百萬美元物資，整個通貨得以緩和（一二六34頁）。41年（1952）12月鈔票發行至7億元，物價猶上漲 5.4倍。47年（1958）臺幣貶值至 36臺幣兌換 1美元（二一九 36頁）。可見 38年（1949） 6月省政府撥 80萬兩黃金及 1千萬美元做為幣制改革基金，顯少黃金挹注。（一二六87頁）
至於美國杜魯門發表「放棄宣言」不久，國務院決定拋棄蔣介石，39年（1950）4月委託外交顧問杜勒斯（John F. Dullers）在歐洲與周恩來會晤，雙方似乎達成協議，先讓臺灣成為中立國，相當期間後轉讓給北京，完成中國「領土完整」目標（一七三 409頁）。
就在國務院做出不利臺灣作為，外交委員會參議員史密斯（A. Smith）從亞洲回來，不僅敦促美國接管臺灣，還告訴總統軍方信息：「我從麥帥處所得到的印象，他們甚至不願想像，我們讓臺灣落入敵方手中。」
惟恐臺灣 落入共產黨，代表軍方的巴都恩（Hanson Baldwin）宣稱要協防臺灣軍援蔣介石。海軍甚至揚言組織「親善訪問團」穩定臺灣，蔣介石同時發表在中國，他尚有 100萬軍隊等待武器上陣，在台灣他也準備一支堅強部隊隨時反攻大陸。為此臺灣呼出口號，說臺灣為「自由中國」和「民主的堡壘」（一七三 370頁）。
就在杜魯門對蔣介石絕望，欲繼蘇聯2月14日簽訂「中蘇友好同盟條約」之後承認中共，不料 39年（1950） 6月 25日韓戰爆發。北韓金日成在中國統一鼓勵下，企圖學習中共一舉攻下朝鮮。出兵攻打二次大戰後由美蘇共同以北緯38度線為界的南北韓。
為杜絕共產黨亞洲擴張美國出兵，中國也出兵，雙方抗戰之激烈，誠如當時駐韓大使邵毓麟說：「我們面臨的軍事威脅，以及美國友邦的遺棄，與承認匪偽的外交危機，已因韓戰爆發而局勢大變，露出一線轉機。」（二四二 795頁）
因韓戰杜魯門重新發表：「臺灣將來地位之決定需待太平洋安全之恢復，與日本和平解決或由聯合國考慮。」
美國被慫恿相信麥克阿瑟，以為不能快速結束韓戰，乃因華府不能客觀利用資源，譬如臺灣。7月 31日麥克阿瑟來臺與蔣介石密談，應允派遣軍事顧問和運送武器來臺。他在臺僅 1日，就將片面看到在美國參院軍事和外交委員會見證說：
「我走馬看花訪問了臺灣，我對該地的自足感到訝異。我發現人們過著不比以前差的生活，我參觀了一個立法機構，發現那裏面有 21位議員當中有 19位是臺灣人，我參觀了法院，發現一套司法系統在亞洲各國中名列前茅。
我進去他們的學校，發現他們的基本教材和其他遠東各國比較，極合乎標準，令我驚訝。自然我亦發現許多應批評的事務。但我衷心的相信，臺灣的蔣介石政府比世界上各民主國家並無遜色。」（一七三 389頁）
確定黨的領導權，政治上又被設計出有別世界各國，既能鞏固蔣政權，又能滿足美國及臺人民主要求，稱為「二重體制」政體。蔣介石在陳誠省主席任內，將 臺灣政治分為上下兩個政體。「上層」是臺人不能置啄的中央獨裁。「下層」則是省主席由中央任命，按行政院命令開放省議會，所有縣市鄉鎮選舉的地方自治。為 貫徹「二重政體」以蔣介石為核心的「上層獨裁政體」。
以36年（1947） 1月蔣介石在南京頒佈的「憲法」為基礎重新選出國會代表、立法委員和監察委員等，隔年 37年（1948）3月再選出蔣介石為總統的政體，為使這個政體永久成為臺灣上層政體。蔣介石透過陳誠，將 37年（1948）中國實施的《戒嚴法》以及簡稱《臨時條款》的《動員戡亂時期臨時條款》一併在臺實施。《戒嚴法》及《臨時條款》不僅使蔣介石政權凌駕《憲法》。
根據此條款，總統不僅為三軍統帥，有權宣佈戒嚴、對外締約、宣戰和媾和權力、簽署立法院通過法令、增加中央民意代表名額、任免省市官員，並可「調整中央政府之行政、人事及組織等機構」，最重要的是蔣介石為達終身「帝制總統」，更令國民大會在 49年（1960） 3月修改《臨時條款》，以「動員戡亂時期，總統副總統得連選得連任，不受憲法第 47條連任 1次之限制。」使憲法在《臨時條款》下成為無用之法。
為有效管理「下層政體」，蔣介石實施兩個政策，一是縮小自治範圍，另一則是培養各地對立派系。為了減弱地方勢力，佔領初期，臺灣行政長官公署曾將日治 5州 3廳 11縣轄市，改為 8縣 9省轄市和 2縣轄市。
39年（1950） 8月 16日行政院通過145次院會《臺灣省各縣市行政區域調整方案》，配合《臺灣省各縣市實施地方自治綱要》再縮小選區，將宜蘭縣脫離台北縣，將新竹縣分割為桃園、新竹和苖栗三縣。
台中縣則改為台中、彰化和南投三縣，台南縣則細分為雲林、嘉義和台南 3縣，而高雄縣則分為高雄與屏東 2縣，總共 16個縣、 5省轄市、 1個陽明山管理局、 6縣轄市、 223鄉、 78鎮。
