雖有人以為法院審訊總統「違憲」,但其夫人吳淑珍仍被陳瑞仁檢察官,在 11月 3日以「國務機要費」作假發票,總計一千四百多萬元起訴。這些錢雖遠低於陳水扁總統任內,自動減薪每月四十萬元,二任八年,總計減薪三千八百多萬元要少很 多, 10日陳水扁出面說明並喊冤,但對其中多項費用,像購買一顆價值 132萬鑽戒及其去向,總統府卻有五、六種說法,無法取信於民。而在檢察官無法起訴總統的情況下,陳瑞仁卻起訴吳淑珍,理由是「與具有公務人員身份的人實 施犯罪」。
但誰具有「公務人員身份」因無載明,臺灣人知識不足,不懂吳淑珍是陳水扁太太,還以為是馬英九太太,而馬英九曾將特別費以「財產」名義,直接撥入其太太專有的戶頭,以為這是吳淑珍被起訴原因,結果不是。
95年(2006) 12月 15日車禍後身體一直殘弱不堪,長年來就坐輪椅的吳淑珍,體重二十幾公斤、體溫不到三十六、心跳不到四十,血壓經常低於六十。對國務機要費吳淑珍只得抱病 出庭,經不起長時間問訊,身體不適差點暈倒,消息一傳出,立刻引來媒體攻擊,有稱「假裝暈倒」,也有報導說是「虛偽」。當時在北京參加「兩岸青年論壇」, 連戰的兒子連勝文,得知消息後,竟向採訪記者說:「我想逛街應該蠻累的,逛街不會暈倒,出庭會暈倒,可能壓力比較大吧!」
然後意有所指的說:「即使當小偷被提告,也有出庭的義務」。他這種冷血說法,遭到民進黨文宣部主任孟義超痛批「禽獸不如」。而最過份的莫過於審判長蔡守訓,對於全國矚目「國務機要費」是否違憲問題,不管專家學者討論,竟可以自己主觀「獨裁」認定,以口頭裁定說:「該案沒有違憲 與否問題,不必停止訴訟程序。」