94年（2005）10月 31日李遠哲以中研院長身份，到立法院接受質詢，當被問到陳水扁已經為陳哲男事件向社會道歉時，蔡錦隆問他說：「你會不會為當時挺他，現在覺得有點後 悔？」李遠哲則以陳水扁「沒能做得更好」表示遺憾，並說：「他要檢討」以及「民主政治可愛的地方，就是『做不好可以政黨輪替』。」等話語。
至於被問到當時何以支持陳水扁，他說：「那時我覺得政黨輪替是民主很好的事」，對於目前的政黨惡鬥，他有感而發的說：「我是對朝野對立，所造成的困 境，覺得很遺憾」。可是當民進黨委員林為洲問到臺灣貪汙現象有否比十年前嚴重，李遠哲的回答卻是：「執政團隊裏有些人操守不好，但他認識的人都很努力，而 且他聽企業家朋友說，民進黨的人『不知道行情』，即使操守不好，要的錢也很少，讓金主大呼便宜」。（《聯合報》A4，2005/11/1）
去年還開口公開挺民進黨的李遠哲，95年（2006）10月8日一完成中研院 院長交棒，遠在巴黎參加國際科學委員會議，對於總統夫人涉及國務機要費貪污事件，造成國內政情動盪。他忍不住在11月9日發表了對外公開信說：「我所摯愛 的臺灣，目前正遭遇嚴峻的歷史挑戰。紛擾全台的國務機要費案，與檢方的起訴書，正衝擊著臺灣的社會，這是臺灣進入民主時代以來最嚴重的危機。在深層意義 上，這場危機是臺灣首度實現政黨輪替的民主果實。
在二千年政黨輪替之前，現任總統被司法機關調查，與第一夫人遭起訴，根本是難以想像的事。而在今天，司法機關展現了臺灣歷史上，未曾有過的獨立精神。第一家庭被調查或被起訴，雖在法律上並不代表犯罪，但這是臺灣司法邁出獨立的第一大步，也是二千年政黨輪替的偉大果實。」
又說：「政黨輪替是臺灣人民追求更光明，更優質民主生活的體現。追求民主是臺灣人民永不中止的理想，而廉政是民主政治的核心價值。二千年時臺灣人民願意支持政黨輪替，正是因為當時人心思變，決心唾棄國民黨長達五十年執政，所造成的貪腐與黑金政治。政黨是人類的集社，人類畢竟不是天使，因此不可能不犯錯，自然也就沒有不犯錯的政黨。
自認不犯錯的政黨，必然是說謊的政黨。因此重點不是犯錯，而是知過能改，並且改過遷善。二千年政黨輪替的教訓告訴我們，在貪腐中不知悔改的政黨，必然會遭到人民唾棄。反之，願意堅守民主的核心價值，承認錯誤，勇於改過的政黨，才會獲得人民的支持與祝福。」
所以他在結論，呼籲民進黨與陳水扁說：「那麼陳總統與執政黨就必須在『小我』與『大我』、『政黨』與『國家』之間，做出正確的抉擇。因此值此時刻，我誠懇 建議：陳總統有必要慎重考慮去留的問題。」（《李遠哲籲扁考慮去留》，中國時報頭版，2006/11/08）與此同時，對於陳瑞仁檢察官鑽憲法漏洞，破壞 憲法精神，起訴總統夫人提出嚴厲抨擊，前總統府秘書長陳師孟，也在 13日，呼籲陳水扁能為大局著想，學當年蔣介石榜樣，自動引退，離職一年，由副總統代理。
就在陳師孟呼籲中，民進黨中執會卻仍作出挺扁決議，使新潮流系的立委林濁水和李文忠，以相繼辭去立委職務，表示抗議。
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