為洗刷馬英九清白，不久，馬英九為法務部長時曾受提拔的法務部長，在國民黨出面告發全國六千多位首長特支費，本身也受調查的施茂林， 11月 29日出面說：「特別費具實質補助性質，不需繳回」。但此看法不為查黑中心認同。而在陳水扁總統為「國務機要費」被各界圍剿，搞得焦頭爛耳時，行政院長蘇貞昌說：「一切尊重法律」。
可是當首長特別費，也燒到自己屁股時，就在本土派飽受藍軍長期欺凌，好不容易有個伸冤機會，尚未出手，卻立刻被蘇貞昌以：「國務機要費與特支費是『歷史共業』。」並說：「沒理由因為總統姓氏不同，而有差別待遇，也不應由任何個人去承受，更沒有理由在舊時代不完備的制度上，衍生新的爭端。解決之道不能清算鬥爭、惡意株連，應以智慧由行政、立法、司法通力合作，朝法制化解決」。表面為總統，其實是為馬英九，或是為自己脫罪緩頰。
總之對綠色支持者，可謂狠狠的澆了一頭冷水。96年（2007） 2月 13日檢察官侯寬仁、周士榆終於共同具名，以被告馬英九，「基於意圖為自己不法之所有的概括犯意，利用市長職務之機會，『詐領』 1千 117萬多元特別費，並據為己有及申報財產，已違反貪污治罪條例，提起公訴」。
對此，也是承辦國務費，被泛藍指稱為英雄的陳瑞仁，也指出對於馬英九辯稱不知情、無犯意，這種說法不能成立，因為特別費就是要因公使用，不用就有違法之虞。他更以「騎贓車卻不換車牌，偷東西不曉得戴手套」來形容馬英九的犯罪。
被提公訴後馬英九，立即以：「我要化悲憤為力量，我不會被惡勢力打倒」發表聲明，辭去國民黨主席，同時也義無反顧宣佈參選 2008年總統，馬英九說：「我要向人民證明我的清白」。並說：「天佑臺灣」。該晚國民黨立即由代理主席吳伯雄，召開臨時中常會通過決議，由蔡正元提案修 正「排黑條款」。以涉排黑條款起訴不得提名的規定，牴觸黨章應屬無效應予廢除。同時要求回歸黨章，一審被判有罪始得停權規定，為馬英九重新量身定做，破除 馬英九代表國民黨，參選總統的障礙。
事實「排黑條款」是馬英九擔任黨主席後，以個人意志決定，宣稱要使國民黨走上最高標準的清廉改革之路，只要涉排黑條款「起訴」就停權。新竹縣長鄭永金是第 一個被起訴，就被停權的黨員。此外，中常會也通過對馬英九黨主席的慰留。吳伯雄說：「修改『排黑條款』並非替馬英九量身定做，而是馬被起訴，導致國民黨有 危機感，因而修訂『排黑條款』。讓國民黨與民進黨取得平等競爭的位置。」，此話似是而非。
對於馬英九執意參選總統，民進黨團總召柯建銘則說：「好像小偷被抓了，竟然說要當警察。」而 對國民黨中常會，要為馬英九修改「排黑條款」，不只國民黨王金平反對，他說雖然有人主張修改「排黑條款」，是為了對付他黨的流氓手段，但政黨有一定的道德 標準，不是什麼碰到流氓的問題，重要的是人民的感受與觀感。
他說：「政黨的任何作為都要考量人民的感受，是否維持住適度的道德標準，若人民覺得國民黨做的 是『道德淪喪』的事，這樣黨要何去何從。」而民進黨主席游錫堃，也譏誚的說：「『排黑條款』是馬英九任內，自己訂定的，現在因自己被起訴，就要修改，明顯 國民黨還是因人設事，也說明馬和國民黨說改革，都是喊假的。」
最不公平的是 82年（1993）當選澎湖縣長的高植彭，81年（1992） 曾任職西嶼衛生所主任，因辦尾牙收受藥商五千元的捐助，時任法務部長馬英九，要求時任澎湖地檢署檢察長黃世銘嚴格查辦，隨後又查到高植彭虛報勞保費，結果 以偽造文書被判一年三個月緩刑，高植彭只得去職。而在偵辦過程，不停偵訊，卻讓一名護士跳樓，另一名憂慮過度，而致癌辭世。
高植彭只因 5千元辦尾牙，被逼下台，且賠上二條人命，如今貪污 1千 1百多萬的馬英九，高植彭說：「活該、罪有應得」，主張應依比例原則辦理。對於此事朱高正說：「阿扁及其家人貪瀆，拖著整個民進黨下水，而國民黨並沒有因 為你的領導，出現什麼新氣象。譬如黨產問題，你為什麼不交給一家，有公信力的會計師事務所負責清算，不論結餘多少，悉數捐給公益團體，這才是新氣象！人家 別的政黨，沒有可觀的黨產，也可以生存發展，為什麼國民黨這麼放不下？
再如黨內民主問題，記得你去年參選主席時，一再要求黨內民主，曾幾何時，你當上黨主席了，哪有黨內民主？搞中山會報，架空中常會，肆意干涉黨籍立委問政。國民黨還是慣性地，依循原有的軌道運行，哪有什麼新氣象？更令人噴飯的是，最近為了你的首長特支費，可能遭到起訴，黨內就有人在運作，修改『排黑條款』，為你參選總統掃平障礙，這種因人設事的做法，不正違反你的做事原則嗎？
你為什麼不在第一時間，出面予以制止？這讓我想起當年，民進黨爲了讓陳水扁參選，而自毀長城，本來依規定，陳水扁在 1998年市長落選後，兩年內不得參選任何公職。不尊重黨內的制度，國民黨與民進黨如出一轍；不堅持黨內的制度，小馬與阿扁何其相似！」（三七七）
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