陳水扁的當選，不被連宋承認。九十二年（2003）11月，連戰在桃園造勢，以「這個國家，仇恨到此為止」為主題。他說：「我也有一個和解的夢，強調連、宋、扁以及所有臺灣人民的子孫都是一家人。」又說：「我連戰懇求大家，所有臺灣歷史族群的仇恨到此為止吧。」（三二一 206頁）
等到 3月 19日開票選輸，竟在其競選總部鼓動抗議。起先他站在全國電視機前面，向全國觀眾說：「我們不在乎輸贏，要冷靜要理性」。當大家不禁要讚賞他的風度時。
豈知他突然話風一轉，改口說：
「此次選舉疑雲重重，為了向歷史、民主制度以及二千三百萬人民交代，這是一場不公平的選舉，我們要提出選舉無效之訴！」
對於 3月 27日集會，政府被迫嚴陣以待，許多人對於當日是否會發生類似中選會的「暴力衝突」，都持難以樂觀態度。
同時，為免民進黨支持者反制，造成不可收拾的衝突，民進黨要求支持者，避開泛藍集會路線，且做到「綠人止步」，不要穿扁衣、扁帽等刺激藍軍衣服，鼓勵支持者到郊區活動，若仍不甘，民進黨並設有專線，提供支持者發洩。
同時，由行政院長游錫堃出面，要求馬英九負起台北市長維安責任，並勸導連宋懸崖勒馬：「你們的行為將是臺灣社會、國際形象、族群和諧的重要關鍵。但你們一己的私慾，也可能賠上整個臺灣！」，並呼籲他們說：「不要讓三二七成為臺灣民主的惡夢」（四 84頁）
就在三二七的前夜中國表態後不久，被國親用來質疑陳水扁當選正當性的美國，也發現事態嚴重，若不及早表態後果可能不堪設想，於是在該夜凌晨發出賀電，「祝 賀陳水扁總統在大選中獲得勝利」。
同時在賀電中也提到，美國「已注意到選舉結果有爭議，但相信臺灣各方，都會依照法律機制解決此一爭執，反對暴力主張」的 聲明。這個賀電，對國親集會，不異潑下一盆冷水，使「美國也不承認的選舉」藉口，為之破滅。
對於連宋陣營宣稱選舉作假，要求重新驗票一事，事實上有二個途徑，一條是由立法院召集臨時會，修改「選罷法」，增列「若得票差距小於百分之一可採行政驗票」。但此修法，連宋以「緩不濟急」，無法達到四十八小時內重新驗票目的為由拒絕。
另一方面，行政院法規會主委陳美伶表示，須經法院訴訟，但其條件， 則必須連宋和中選會都承認有計票問題，並提出證據，法院才能就有證據的部份查驗。
至於連宋所稱「重新選舉」，除非當事人死亡，否則就是「選務機關」違法或作票，嚴重到足以「影響選舉結果」才可行。沒有法源依據，加上中選會也無違法，連宋對「作票說」又毫無證據，所以高院就在 3月 25日，對連宋提出「選舉無效」及「當選無效」的訴訟，予以駁回。但卻這項循法的駁回，卻被有心解讀成「未依法律獨立審判」的「政治駁回」，使法院不得不出面否認。
就在連宋陣營對驗票要求，從行政驗票、立即驗票、最後又要司法行政驗票。一變再變之際，也不顧陳水扁在 27日晚上的承諾，仍在 29日晚上，提出「當選無效」之訴。而 30日陳水扁和呂秀蓮也共同簽下「不必舉證」，就可「全面驗票」的同意書。
就在全國進入全面驗票時，為了凝聚集會的共識，槍擊案於是又浮上台面，成為抗爭的理由。對於槍擊案造成臺灣紛爭，雖有臺灣刑事局報告，在無法取得國 親信任情況下，檢查長盧榮一在 3月 26日只得另外組織，可獨立運作的「三一九專案鑑識小組」。
其中成員，包括 3月 22日連宋陣營建議，美國鑑識專家李昌鈺博士在內。李昌鈺博士，出生江蘇六歲來台，中央警官學校畢業， 54年（1965）赴美深造取得美國紐約大學生化學博士學位，因偵辦幾件大案像 JonBenet Romsey 謀殺案、O.J.辛普森殺妻案而名滿天下，有「當代福爾摩斯」美譽。
87年（1998）起擔任美國康乃迪克州警政廰長。此次總統大選，他因擔任美國連宋後援會榮譽主席成為國親的信任。
李昌鈺雖有這些背景，但其學識客觀也為社會公認，故當「三一九專案鑑識小組」出面邀請時，李昌鈺雖在百忙中立刻應允回台協助辦案。首先他委請法醫專家韋契 特（Dr.Cyrilh Wecht）、彈道專家哈格（Michael G. Haag）現場鑑識專家龐巴克（Timothy Palmbach）等，在 28日先行來台。他們三人，立刻展開調查，次日到奇美醫院，及槍擊現場作實地調查。
92年（2003）10月陳水扁繼第一次「二五八」金改，又提出也被稱為圖利財團，金融合併的「第二次金改」。許多人好奇為何陳水扁要求金融合併，原來他以為金融機構對外要有競爭力，就要合併，因為規模大才有競爭力？然而這個說法並不被專業認同。
政大金融系主任沈中華就說：
「整併要提高集中度，但臺灣如以規模大的花旗銀行或渣打銀行為標竿，卻未注意到這些銀行是以全球為市場，『越大越好、全世界都在跑』，且以英語國家為市場，但臺灣金控的市場在哪裏呢？」他 提到如果臺灣把餅做大，成為區域銀行，但「走不去」。東南亞市場又小僅能做分行，東北亞的韓國和日本，臺灣還不夠競爭力。
而中國雖有台商生意，然而卻不能 前往。因此沈中華質疑，二次金改的目的，應該要問的是，臺灣的金融機構市場在哪裏，而不是整併後，仍在臺灣本地競爭。（三五九）
暨南國際大學金融系副教授林霖也說，過去西方認為數大就是美，但現在是「專業才是美」。
陳水扁第二次金改，亦是圖利財團之舉，我們有個例子說明，由於國營銀行買賣資產，都要受到國家法令限制，所以不能夠隨便處理資產，如同一個擁有金庫 和銀庫的富翁，卻不能打開金庫過活，只能靠著微薄的存收款收入維生。
何況銀行本是公務機構，「吃大鍋飯」，不會積極經營，以致經常赤字，每年入不敷出，像 這樣的銀行，如同坐在金山上的乞丐，股票沒人買，成為沒有價值的國營企業。這樣不公平股市評價，也許國民不懂，可是主持國家大政的人，難道也不懂嗎，所以 就以乞丐的身價，把整個金山、銀山賣掉。
這個例子，我們也可以台鐵目前的高負債來說，因台鐵屬公營事業不能隨意處置資產，以致負債超過八百億元，成為經營非常困難的公司。如果台鐵有股票或對外釋 股，肯定也沒有人敢買，我們豈可因此斷定台鐵就沒有價值。目前他們稍一整理，發現光是台北機廠幾處土地，公告地價就值一千多億元，若開發利潤可達二千五百 多億元。
只要政府點頭就可還債，十年後成為人人稱羨的企業。所以對於陳水扁政府，美其名為「第二次金改」，其實是賤賣銀行資財圖利財團，其數目甚至以 「兆」元為單位計算。許多知名財團，像這次捲入彰銀的台新金，其他還有中信金、開發金、金鼎券等，為了擠進這百年難得一見的「大」圖利機會，互相排擠、鬥 爭，其醜態百出，演盡了奸商和奸官的面目。
94年（2005） 2月 24日，被呂秀蓮形容為「大敵當前」，就在中國審議「反分裂國家法」前夕，陳水扁為營造政黨和解，政局安定假象約見宋楚瑜。在扁宋會中，針對兩岸議題達成 十點共識，其中包括遵守中華民國憲法，以及多次對獨派保證，已不存在的「四不一沒有」，卻又被列入。
對陳水扁不守諾言，努力推動臺灣法理獨立，引來獨派的 不滿。尤其台獨大老辜寬敏，以「實在受不了陳水扁與宋楚瑜『扁宋會』所簽署的十點共同聲明」為題，對外發表。
辜寬敏說：「擔任五年多總統府資政，多次向陳水扁提到『四不一沒有』主張，會嚴重傷害臺灣的生存發展，但這次『扁宋會』陳水扁與宋楚瑜的共同聲明中，就重申了『四不一沒有』，讓人非常失望。」
就在獨派指責同時，不可思議的，陳水扁為卸責竟把責任歸罪李登輝，陳水扁說：「扁宋會是出自前總統李登輝的建議，辜寬敏不予認同，李登輝很生氣。」但這種 推責不但立刻引來台聯黨「無情無義」的指責，辜寬敏更說：「李老先生不但很失望，而且非常憤怒！陳水扁看到大家反彈，就把責任推給老先生。」
就在臺灣人慷慨激昂，美國也參加聲援時， 3月 26日就在百萬人參加「反反分裂法」遊行之際，當時有「獨派大老」之稱，被形容「打死不褪色」的奇美企業董事長許文龍，因不斷在中國投資，像在鎮江投資石 化廠，又在寧波、廣州投資建廠並轉投資，期望在中國設立高科技的奇美電子，這些投資在在需要中國政府點頭，否則光已投資部份，在不勝查稅、威嚇上下游廠商 不准購買奇美產品等，就已損失數十億元，如果再將原已承諾提供給奇美做為電腦必需品 ABS（丙烯青丁二烯苯乙烯聚合物），在廣州的投資讓予他的競爭對手韓國 LG化學公司，就會讓奇美獨佔世界龍頭的地位泡湯。（三六六）
他突然在《經濟日報》發表「一個中國」的退休感言，文中以「臺灣、大陸同屬一個中國」，否認過去台獨立場，聲稱總統大選是「挺扁不挺獨」，表態支持中國 《反分裂國家法》。
對許文龍臨時變節，被視為摯友的李登輝前總統，則只說了兩句話，就是：「作為一個朋友，我可以了解他的立場。」又說：「中國知道臺灣要舉辦大遊行，才向許文龍施壓。」（三六七）
他的說法隨即被中國國台辦否認。不管如何，對中國「反分裂法」反對熱烈時，雖有一些台商干擾，但無礙於遊行運動的進行。不料，就在示威遊行後不 久，3月28日國民黨無預警的，以副主席江丙坤為主，率領了一個訪問團抵達廣州，向為中華民國的誕生，犧牲奮鬥的黃花崗七十二烈士獻花致敬。
連戰訪中的成功，成為宋楚瑜「有樣學樣」學習的對象， 5月 5日宋楚瑜開始以「搭橋之旅」為名訪中。雖說這次宋楚瑜中國之行，係建立在二次「扁宋會」基礎上，行前先與陳水扁私下達成十點共識。但到中國後，宋楚瑜如 同脫韁之馬，隨興而舞，堅持同意與臺灣主體意識相違背，「憲法一中」與「九二共識」原則。
對於連戰訪中時，曾在機場激烈抗議的台聯黨及本土人士，對宋楚瑜「搭橋之旅」卻毫無反應，台聯秘書長陳建銘說：「台聯將不會到中正機場抗議，宋楚瑜在中國 的言行，一切由陳水扁總統概括承受。」又說：「由於扁宋經歷二度會面又有十點共識，在雙方達成的默契下宋楚瑜訪中，一切後果由總統負責。」（三七二）
事實上，對於宋楚瑜訪中，人仍在國外出訪的陳水扁還透過電視對外說：「有一些信息，希望他能夠直接向中國領導人傳達。」（三七三）
到了馬紹爾，陳水 扁又自我安慰的說：「兩岸對話，過去被每個人認為幾乎不可能的事，如今都已經發生，而且可能比預期更快、更早。」之後又到了吉里巴斯，還特別提到「將邀請 中共主席胡錦濤訪問臺灣」。（三七二）好似宋楚瑜訪中，都在他的掌控下。
陳水扁喜愛逞能，尤其爭取本土派領導。像 92年（2003）7月21 日李登輝提出「二○○八年台獨建國」，馬上被統派人土譏為「台獨瘋子」和「江湖騙子」。但不服輸的陳水扁，馬上在 9月 28日民進黨慶，提出「二○○六年催生臺灣新憲法」的驚人言論。
這種玩弄臺灣意識言語，馬上被人識破，當時的連戰揶揄為「無聊，不值得響應」，而宋楚瑜則 譏笑說：「這是另一種『四不一沒有』，不尊重憲政體制，不尊重主流民意，不重視經濟民生，不認同中華民國。」又說：「講的話從來沒有信用。」
但陳水扁的「新憲法」說法馬上為民進黨更正，否認新憲法等同台獨的變更國名和國號。又說所謂新憲法，主要是討論臺灣要採取五權或三權分立，是採總統制或內 閣制，是要單一國會或加上任務型國大體制等。
但總統發言不由總統府出面澄清，卻由黨來更正，並不為台聯立院黨團接受，何況「新憲法」與「修憲」用字遣辭不 同，言簡易懂，故台聯以「明智決定」稱讚陳水扁，也對外宣佈為迎接這日，他們要在 10月 1日發動制憲聯署， 10月 25日要成立制憲委員會，由李登輝擔任名譽召集人，預計在2004年完成臺灣新憲法。（三七四）
