兩蔣時期蔣介石因應接班，43年(1954)以「臨時條款」，撤銷總統府機要室資料組，成立「國防會議」及「國家安全局」簡稱國安局，由鄭介民出任第一屆局長。
隔年因情治人事紛擾，將原屬中統局人馬規劃為調查局、隸屬軍統局人員另成立國防部保密局和情報局，都是以國安局為最高統籌機構。直到56年(1967)國防會議栽撤，國安局改隸動員勘亂時期「國家安全會議」。
兩蔣以戒嚴實施獨栽統治，以國家安全會議統轄八大情治系統，這些單位除國安局，法務部調查局、國防部情報局、憲兵司令部調查局、台灣警備總司令部、國防部總政治作戰部、國民黨大陸工作會、內政部警政署等機構。
2001年擔任國安會秘書長的丁渝洲，直指馬英九偏信，批評說：「身邊無烏鴉，外面就會有紅衫軍。」馬英九執政時期，國安會秘書長有蘇起、胡為真、袁健生等人，過去看似無事的國安會秘書長，等到 2014年 3月金溥聰就任開始掀起波瀾。金溥聰不只調動情治首長，也展開被稱為違法違憲的情治視察。
首先金溥聰6月4日視察調查局本部，接著第二天在國安局長李翔宙帶領下，巡視海巡署、警政署等國安機構。立委邱議瑩在立院質疑，金溥聰巡視調查局、警政署，居然要求「警方在大規模群眾抗議事件時，可成立指揮中心，由軍方來統籌指揮調度」，上述質詢雖經警政署否認，但對該日錄音卻不願公佈。
對於國安會秘書長親自巡視情報機關， 6月 15日曾任最高法院院長及大法官楊仁壽，強調：「依國家安全會議組織法第六條規定，國安會秘書長的職權是『承總統之命，依據國家安全會議之決議，處理會 務，並指揮監督所屬職員』，因此金溥聰的職責是僅可以處理國安會的會務及『管理國安會的那些職員而已』，根本沒有到各國安團隊機構視察的權力。」故對金溥 聰視察行為，楊仁壽認為「違憲違法」。
馬英九執政所以喪失民心，就是縱容黑道和統派。其中較有名是白狼張安樂以及愛國同心會滋事。張安樂綽號白狼，係蔣經國時期剌殺劉宜良，「江南案」主角之一，在美國販毒被關十年，1996年回台，台北地檢署再以違反《組織犯罪防制條例》起訴，潛逃中國17年，開始政治染白，2005年成立中華統一促進黨，主張兩岸統一和一國兩制自任總栽。
直到政治立場相同的馬英九就任總統回台，2013年 6月在機場被警方以手銬帶走，旋又以 200萬元交保在外，遂行其政治行為。
張安樂對馬英九形像傷害，乃是張安樂返台馬英九聲望低落時，台灣人民對馬英九治國，到處官商勾結，行政貪腐和司法不公、特別是地方政治與黑金掛勾。這時代 表國民黨黑金勢力的張安樂返台，假統派之名，對抗許多順著潮流產生的街頭社會運動，張安樂一插手，被形容為黑影幢幢的黑衣人，多次出現社運中，展現統派的 黑道勢力。
中國歷史的驕傲不在司法，宋朝包拯又名包青天，說明中國自古司法貪腐，難得出清官，所以千百年流傳。而台灣人對司法看法不同，台灣人相信司法源自日本統治，日本第三任總督乃木希典是位清官，無奈遇到高等法院院長高野孟矩，他對日本官員收受一瓶清酒，會以 收賄罪窮追不已。
他舉發許多日本人在台不公冤案，執行司法雷厲風行，逼得日本民政長官水野遵下台，日本官員頭疼不已，紛紛以拒絕來台就職逼他下台，最後日 本以違憲逼他下台，沒想到一下台，許多支持他的地方法院院長、法官也跟著下台，日本司法公正性，得到台灣人認同。
然而國民黨來到台灣，就利用台灣人信任司法，玩弄司法。不只兩蔣時期白色恐佈，許多欲加之罪何患無辭的匪碟案，有錢判生、無錢判死案例，使得台灣人失去對 法院信任。法院成為政治工具，國民黨秘書長許水德為選勝，鼓勵賄選，還說：「法院是國民黨開的」，道盡台灣法院是政治工具事實。
馬英九一面扮演公義，另一方面進行箍制司法。馬英九箍制司法有二條途徑，即是控制司法院以及隸屬行政院的法務部。司法院長兼任大法官會議主席，任期八年。
馬英九上任時，司法院正副院長為2007年無黨籍賴英照和謝在全，賴英照曾任台灣省副省長，民進黨執政時的行政院副院長，後來為陳水扁提名為司法院長兼任大法官。
欲掌控司法須先謀取司法院長一職，設法由馬系人馬出任，賴英照、謝在全成為除之後快對象。台灣司法黑暗眾所皆知，根據民調，馬英九時期司法不被信任民調達到 69%，2016年 2月為 84%。閩南語謂「一審重判、二審減半、三審豬腳麵線」，就是描繪台灣司法黑暗。掌控情治監聽的馬英九，很容易控制受賄法官。
法務部的檢察署是行政體系，具有自動偵察犯罪的權力機構，要成為缷用比較簡單，只要找到親信擔任法務部長即可，2008年馬英九就任總統，劉兆玄找到馬英九欽定的王清峰擔任法務部長。
王清峰，1987年致力雛妓救援，創辦婦女救援基金會並擔任第二屆監察委員，1996年搭配陳履安競選副總統未當選。1998年針對台籍慰安婦，拍攝「阿媽的秘密」紀錄片獲得金馬獎。2004年參與「319槍擊案真相調查委員會」受知馬英九，成為馬英九總統首任法務部長。
王清峰一上任，立刻展開前朝清算，將新舊政府交接法務部長施茂林，根據例行規則，應回任最高檢察署主任檢察官，以「不宜、不妥」駁回。這種不問情由，違反部長回任機制，最後由人事行政局與銓敘部出面代為善後，讓施茂林才得以台北地檢署檢察長身份辦理退休，成為法務部長回任一審檢察體系的首例。
此事凸顯王清峰做為馬英九司法打手之兇悍，不問情理和法律。令人側目是馬英九一上任，委任陳長文律師以瀆職、偽造文書等罪，對起訴特別費的檢察官侯寬仁開刀。地檢署唯恐惡例一出，捲起對檢察官控告的海潚，不予起訴。記恨的馬英九猶不忘追殺。
台灣司法體系淪落不只司法院，大法官也是如此。釋憲本是大法官責任，為了避免總統權力集中，1997年修正憲法第五條，大法官15名不得連任，採取交錯任期制。2003年 9月決定8位大法官任期4年，其餘 7位任期 8年。
2007年任期4年大法官屆滿，陳水扁提名卻遭國民黨糾葛，只遞補4名出現4名缺額，等馬英九就任總統立刻補足。
另外 7名大法官 2011年缷任，適巧 2010年發生高院法官集體貪腐事件，大法官兼司法院正副院長賴英照、謝在全被逼辭職，馬英九遞補賴浩敏和蘇永欽。蘇永欽是馬英九建中和台大同 學，1997年5月馬英九辭官想回政大教書，早已超過3月聘任期，法學院長蘇永欽不顧教授反對，硬是延長時效，讓馬英九回鍋政大教書，直到當選台北市長才 離去，蘇永欽是馬英九親信缷用學者。
2004年陳水扁總統提名 29名監察委員，遭到國民黨杯葛，卡在立法院程序委員會，馬英九無視大法官第 632號違憲解釋繼續杯葛拒絕。等到馬英九 2008年上台，公佈蕭萬長、錢復為審薦小組正副召集人，由胡佛、林澄枝、黃榮村、陳世敏、楊永斌為組員，重新提出第 4 屆監察委員名單，7月 4日通過立法院，監察院終在 8月 1日開始運作。
原本提名有王建煊、沈富雄、黃煌雄、黃武次、趙榮耀、趙昌平、林鉅鋃、馬以工、洪昭男、錢林慧君、周陽山、李復甸、杜善良、洪德旋、劉興善、余騰芳、劉玉 山、陳健民、高鳳仙、楊美鈴、葛永光、馬秀如、李炳男、陳耀昌、吳豐山、沈美貞、尤美女、程仁宏、許炳進等人，王建煊和沈富雄為監察院正副院長。許多人都 是金溥聰屬意。
金溥聰提名沈富雄，在立法院卻遭吳伯雄和立委邱毅反對，結果以 51票，沒通過立法院半數被否決。同時遭否決的，有被爆性騷擾、逃漏稅的許炳進9票。參與兩性平等、女權運動的尤美女律師，被指責辦案品質不佳，曾有「置 人於罪」嫌疑，得票 47票。與原配離婚，讓元配獨立扶養四個小孩，元配罹癌猶置之不理的陳耀昌，13票被否決。馬英九後來改提名陳進利、尹祚芊、陳參祥等人，以陳進利為副院 長。
有人以為馬英九當上總統，完全拜陳水扁貪腐所賜。馬英九八年施政敗德，陳水扁一直是馬英九提款機，世人喜歡用日本怪獸名稱呼陳水扁為「扁唯拉」。
意即馬英九每次走到政治困境，就會址出陳水扁來自保，同時以假清廉，掩護黨內貪腐。這個自以為是的公式，不只應用台灣各式選戰，也被應用在不當政策上，每 當政策遭到嚴重批評，就會拿出陳水扁政績做比較，說明自己有多好，這種自我肯定的駝鳥心態，「自戀狂」，常被媒體人批評是否患有嚴重的「人格分裂症」。
最要不得的是，每當遭遇政敵，就會利用媒體和司法工具來瞎掰。2012年總統大選，馬英九為勝選，醜化對手蔡英文，先以陳水扁醜化民進黨，說是貪腐政黨，蔡英文也是。為取信竟可「無中生有」掰出「宇昌案」。這在選後，才知馬英九的詭計，不只有經濟部長劉憶如配合背書作偽證為貪腐案件，當然更有特偵組，全場配合演出。
馬英九採取清算前朝做為選戰和施政內容，必須掌控清算工具。法務部屬下有個機構，附屬最高法院檢察署的「查緝黑金行動中心」，原為查緝國家元首、高官將領 貪瀆，或遇到國家重大刑事案而設的機構，2006年2月修正《法院組織法》第66條，領導的檢察總長由總統任命立法院同意。
組織法修正後，第一屆檢察總長謝文定提名後遭立法院否決，接任的陳聰明2007年1月國民黨開放投票終獲當選，7月將查緝中心改名「特偵組」。
陳聰明受陳水扁總統提名之累，立法院朝小野大，藍營掌控媒體，當上檢察總長飽受批評，先以陳聰明涉入高捷案關說抹黑。並以喝春酒，涉入SOGO案、吳淑珍案，陳水扁私人醫師黃芳彥家作客，更是引起司法爭議。陳瑞仁檢察官與檢察官改革協會，以陳聰明涉入扁案已是涉嫌人，故應申請迴避為由，提出逼宮的檢察總長退場機制。
