陳水扁為了與美國重啟雙邊貿易暨投資架構協定(TIFA)，簽定自由貿易協定(FTA)、台美引渡條例、赴美免簽證、以及對台軍售等情事，應允進口美牛。 即使美國在 2003年發生狂牛病，被台灣列為禁止進口國。而且美國飲食習慣與我國不同，准許含有萊克多巴胺俗稱「瘦肉精」飼養，這些都是台灣當局禁止。
即便如此 2005年 3月台灣仍在美國壓力，有條件宣佈美國去骨牛肉進口。沒想到剛同意，美國又發生狂牛症，台灣只得再度禁止進口。
2006年 1月蘇貞昌院長在美國壓力，允許 30個月小牛的去骨牛肉，經商品檢驗局檢驗後進口。 8月陳水扁也企圖放寬瘦肉精規定。由於變更瘦肉精，牽動國內養豬戶利益遭到民間反彈，陳水扁最後只得放棄，馬英九當時也是站在明確反對的一邊。
2008年馬英九當選總統，對開放美牛，馬英九早期表現似乎站在民間一端。直到 2009年 10月衛生署宣佈與美國簽訂台美擴大美牛進口議定書，開放美國帶骨牛肉、牛絞肉及內臟進口，引發輿論全面反彈，才發覺馬英九原來是站在美牛進口的一端。
2012年 4月 9日財政部宣佈證所稅復微方案，個人股票年獲利 300萬以上，將課徵 20%證所稅，但長期持有 5年以上課徵減半。復徵證所稅曾是李登輝時代，劉憶如母親郭婉容為經建會主委兼財政部長時宣佈的政見。結果，1989年起復徵證所稅，股票從 8千9百多點無量崩跌 19天，來到 5千 7百餘點，郭婉容只得辭職下台。
2012年總統大選，以「宇昌案」抹黑蔡英文，自認護馬連任有功的劉憶如，在馬英九「租稅正義」口號，上演「公主復仇記」，結果各方壓力接踵而來， 5月 28日立法院黨團在多方辯論下，推出完全推翻劉憶如的「整合版證所稅」，俗稱修正後的證所稅，劉憶如看到內容完全被推翻，馬英九也沒護航，隔日向行政院長 陳沖遞出辭呈。
「有所得就應繳稅」，照理說這是國民義務。所以課微證所稅是對的，資本利得本該課稅。油電雙漲也是如此，政府本就不該拿納稅人的錢來補助油電費，使得大量 用油電的企業得到好處，政府等於劫貧濟富。政府不先好好去撤查弊案重重的中油及台電，不去處理工業用電的不公平補助，卻先漲小老百姓電費。
陳水扁時期，曾有退休俸加優惠存款，不得超過原有薪資 90%的限制。等到馬英九為了選票，又將 90%提高到 95%，坐任財政敗壞。
2008年 9月根據主計處報告，軍公教退輔基金虧損達 469億元。在年金不獲改善，2008年 7月 17日又通過「勞工保險條例修正案」，將國民年金與勞保年金給予立法，使得勞工保險老年、失能、遺屬給付年金化。
這原本是件美善的事，卻因國民黨選票考 量，將原本設計應付 13%保險費率改為 7.5%，等3年後再逐年增加0 5%至 13%，使得原本脆弱的財政更是雪上加霜。
馬英九不敢改革年金，放任財政敗壞引起社會不平。2010年 6月主計處應立法院要求，公佈中央和地方政府潛藏債務 13兆 7819億元，其中 9兆元債務屬退休年金。因為軍公教為國民黨選票基礎，馬英九不敢聞問。直到 2012年 10月全國媒體頭版報導，我國勞保基金長此下去，將在 2027年破產。
馬英九主政最好賺的工作, 就是土地炒作，特別是政府官員利用職權假公益開發名義，低價徵收農業土地，經過都市計劃，將地目變更為高價的商住或工業用地，最後不是賣地自肥，就是將轉售財團，從事與徵收目的不符的開發，賺取巨大利益，透過海外洗錢途徑，回到不肖官員手中。
這種透過海外洗錢的貪污，台灣不是聯合國會員國，許多國家沒有邦交，也未簽署司法互助，不易追查，與傳統直接交付金錢的貪污可謂聰明，常被比諭為國際貪污，有別於傳統直接貪污，對親屬和子女擁有外國籍的官員特別有效。
馬 英九市長任內，透過都市計畫圖利財團，更是箇中高手，新店美河市案就是一例，假藉捷運機房興建，擴大徵收農地，變更為住商區，再以合建圖利日勝生建設，獲 利達數百億元。此外，馬郝兩位市長，竟可將都市計畫停車場、運動園區和文化園區，曲解法令，蓋起商用大樓和百貨公司圖利財團，民國以來無人能出其右。
合宜住宅
過去政府實施國宅政策，基地都選在中低收入不能負擔的都市精華地段，造成滯銷積壓數千億公帑，結果成為人頭戶轉售富戶，賺取中間差價的標的，飽受社會批 評。
97年（2008）台灣房地產低迷，馬英九當選總統，美國發生雷曼兄弟倒閉的金融風暴，為提振房市政府採取停建國宅。且將 60%遺贈稅調降至 10%，以此吸引海外資金回台。面對台灣多餘資金，政府不思導入產業建設，反而紛紛投入房地產，造成房價三級跳，造就台灣成為貧富懸殊的怪異現象。
為了抑制房價，解決青年及低收入戶居住問題，98年（2009）行政院推出「青年安心成家方案」。2010年吳敦義行政院長以「健全房市市場專案」，由秘書長林中森提出與建商合建「合宜住宅」。該年4月行政院長一行人到新北市浮洲及林口勘查興建基地。
馬英九執政產生財政困難是必然的，除了官員貪腐，許多工程一再追加，各地建設許多拍馬屁蚊子館，像 2014年底新任縣長徐耀昌交接，才發現負債 547億元的苗集縣政府， 2008年馬英九上台，原縣長劉政鴻為討好馬英九，在苗栗馬家莊集資5千萬元，建造一間拍馬屁的「馬英九奮鬥館」，被嘰為「馬糞館」，結果在無遊客下， 2013年 6月封館成為蚊子館，浪費國家資源。
國家資源被浪費尚不只如此，劉政鴻好大喜功，仗著與馬英九交好，2008年以發展國際藝術活動為由，請來世界兩大男高音多明哥和卡列拉斯來苗栗演唱，因聽 眾不多，最後免費入場，花費 2.17億元。建造苗北藝文中心演藝廰花費 9.23億元。 2011年利用建國百年機會舉辦燈會，花費 5.2億元， 2012年 10月在負債 409億元情況下，不顧反對黨反對，仍編列 2.9億元辦理國慶煙火。
「施放煙火」對地方助益有限，卻是國民黨各縣市喜愛項目，有人比諭這些無從查帳的「煙火秀」，與早期國軍施放「空飃汽球」有異區同工之效。然而苗栗財務困難，2015年苗栗縣長徐耀昌就任縣長，發現苗栗負債 547億元，比想像嚴重，不僅發不出縣內公教薪資，且積欠廠商工程款，讓很多公司倒閉。
「台灣美食王國」的美譽，馬英九治理下成為幻減名詞。早期台灣曾發生可怕的食安事件，1979年台中和彰化地區，廠商提煉米糠油脫臭過程，以多氯聯苯做為熱媒劑，導致多氯聯苯漏氣滲入米糠油，產生氯座瘡、色素沉澱、眼臉腺分泌過多，以及肝臟、免疫和神經系統損害等重大傷害的多氯聯苯事件。
受害者不只二千多人，經由胎盤和哺乳導致 12名第二代受害。這些受害者經過長期訴訟，只能在黑暗角落與病痛對抗，暗夜哭泣，直到 2015年 1月 22日立法院才通過「油症患者健康照護服務條例」，給予受害人像微性 10萬至 20萬元賠償。這件台灣長久流傳悲傷事，沒想到 36年後又重演黑心油事件。
中國黑心商品，經常成為台灣人笑談，不料台灣人從沒想到，就在馬英九全面開放政策下，中國商品早已悄悄進入台灣市場。2008年9月26日中國出產含有三聚氰胺乳製品，引發中國毒奶粉事件。這是中國黑心製造商竟在嬰幼兒奶粉「三鹿奶粉」，添加「三聚氰胺」而爆發。因為管制疏忽衛生署長林芳郁下台。
台灣黑心油愈查愈大，幾乎知名食品公司幾乎涉入，有人形容台灣食品已喪失天良，這些黑心油廠商最令人震憾的就是曾涉入多氯聯苯事件的頂新製油工 廠，1974年改名頂新遠走中國，後來靠著賣康師傅麵致富的彰化頂新公司。 2009年 12月在馬英九鮭魚返鄉號召下，挾著中國發財餘威， 2010年 7月回台發行存託憑證（TDR）。
頂新魏家委託永豐金證承銷，因中國市場引起搶購，頂新利用「承銷回饋金」及「圈購介紹費」等退佣手法，巴結國民黨要員，這些退佣金經壹週刊報導，有海基會董事長江丙坤、悠遊卡董事長連勝文等 261名黨政名人。
總計頂新利用TDR募資到 171億元，將 56億元匯到中國投資中國上海全家便利商店，其餘 94億用來買 101股權、掌控味全公司持股，並替味全償還貸款。再結合頂禾、能率兩家開發公司，買下三重工廠 1.583萬坪新燕土地，準備利用都市計劃變更為商業用地或住宅用地，大賺房地產，並回彰化永靖規畫康師傅文化園區，並以 1%自備款購買下14戶帝寶豪宅。
頂新黑心油觸怒全台，可是馬英九一味護航，不敢重話批評。馬英九和國民黨維護頂新，如果沒有拿到好處何必如此，引起民間廣大迴響，開始對馬英九和國 民黨假清廉質疑。2014年 10月民進黨發言人黃帝穎電視首先報料，根據北檢魏應交筆錄，2010年頂新發行康師傅 TDR的手續費退佣給圈購者，其中 525萬元由王金平轉捐國民黨，作為高雄市長競選之用。
此事經王金平證實，高雄縣黨部主委劉敬添也担承，曾開立收據給頂新，但國民黨申報競選經費卻無該筆款項，除非魏應交偽證，或是劉敬添偽造文書，否則就是國 民黨高層私吞該筆捐款。儘管國民黨發言人陳以信發言表示， 2008年到 2013年間，國民黨未收受頂新的政治獻金。但已不被人相信。
接著馬英九收受獻金傳言愈傳愈多。前總統府秘書長陳師孟，爆料前中研院院長李遠哲宴請電子業，宴會間親聞 2008年總統大選，二位電子業鉅子政治獻金各 5億元，總計 10億元。
18年前陳肇敏擔任空軍作戰司令，有權指揮軍事檢察官，且能影響審判的「軍事長官」身份，非法刑求及強行逼供，槍決江國慶士兵冤死案，2012年台北地檢署，以陳肇敏等人所涉及濫權致死部份，已逾追訴時效，亦認定陳肇敏所做是為求破案，與江國慶死亡無因果關係。
1996年“江國慶冤案”，終於在 2011年水落石出，真兇許榮洲年初落網，坦承犯下18年前女童性侵命案，證實當時被軍方刑求，並槍決的江國慶實屬無辜，喚起社會關注軍方越權執法情況。 軍方年初重啟調查，于 10月底宣佈向江母賠款 1.03億元新台幣，並研究是否對相關違失官員提出求償，包括前“國防部長”陳肇敏等 8人，凍結其財產待查。
2011年2月1日馬英九在他的臉書上說，發生這樣的事讓他痛心，雖無法挽回江國慶年輕寶貴生命，但希望能夠撫慰家屬心靈，尤其是去年含恨而逝的江國慶父 親在天之靈。 2014年 7月 10日監察院報告出爐，就是認為陳肇敏曾下過紙條干預軍事審判，才造成江國慶錯殺事件。
