18年前陳肇敏擔任空軍作戰司令，有權指揮軍事檢察官，且能影響審判的「軍事長官」身份，非法刑求及強行逼供，槍決江國慶士兵冤死案，2012年台北地檢署，以陳肇敏等人所涉及濫權致死部份，已逾追訴時效，亦認定陳肇敏所做是為求破案，與江國慶死亡無因果關係。
1996年“江國慶冤案”，終於在 2011年水落石出，真兇許榮洲年初落網，坦承犯下18年前女童性侵命案，證實當時被軍方刑求，並槍決的江國慶實屬無辜，喚起社會關注軍方越權執法情況。 軍方年初重啟調查，于 10月底宣佈向江母賠款 1.03億元新台幣，並研究是否對相關違失官員提出求償，包括前“國防部長”陳肇敏等 8人，凍結其財產待查。
2011年2月1日馬英九在他的臉書上說，發生這樣的事讓他痛心，雖無法挽回江國慶年輕寶貴生命，但希望能夠撫慰家屬心靈，尤其是去年含恨而逝的江國慶父 親在天之靈。 2014年 7月 10日監察院報告出爐，就是認為陳肇敏曾下過紙條干預軍事審判，才造成江國慶錯殺事件。
監委馬以工出示陳肇敏當時的字條，上說：「許榮洲在軍法單位審訊時，曾自白夥同他人涉及作戰部謝姓女童命案，謹經軍法單位與醫院檢查其精神狀態，若證實許 兵為精神異常、突發性舉措，各級幹部將防不勝防」…
又說：「本案議處等級，仍有再檢討商確餘地，請再與總政治六團三處協調，尋求可接受最低標準，以免遭受 退案，亦顯賞罰之公正性。」說明權高位重的陳肇敏，確有干預軍事審判之嫌。（四九七）
馬英九講的是一件事，做又是另一件事。特別是太陽照不到的地方弊端叢生。 2013年終於爆發大學生洪仲丘，軍中被虐死事件，殘忍情節讓當過兵的人都能夢廻其境，對於軍隊的黑暗，造假的過份，激起國人憤慨，集合 25萬人穿著白衫軍上凱道抗議。
洪仲丘畢業於國立成功大學，考入成大碩士班，先入伍陸軍六軍團湖口裝甲542旅部連為下士兵，等退伍後再繼續回校進修。不料，屈臨退伍不到七天，外出休假 回營，違反營規攜帶照相手機，這件違規僅須告誡了事，因負責營區油料調度握有黑幕，深怕退伍爆料，並為殺雞儆猴，故意以關警閉對待，不料竟超乎體能負苛， 中署急救致死。
洪仲丘虐死案，原本不該發生，不只屆臨退伍，體重過重，可是為了關他，部隊可以不管體能表，以長官意志「士評會」通過關警閉。而且在榮退前，旅長沈威志召 集的離營座談會，生性耿直的洪仲丘，說出部隊一些管教不公平事，甚至是軍中車輛帳務核銷等問題，這些問題恰是下令關警閉副旅長何江忠的權責。
洪仲丘不能關警閉，不只體能問題、警閉室客滿、加上禁閉公文也要幾天作業，算一算都關不到洪仲丘。但神通廣大的何江忠卻可以極短時間完成，向269旅副旅 長黃天任借到禁閉床位，指示洪的連長徐信正說：「如果不趕快把他抓去關，我就抓你去關」。為了關洪仲岳禁閉，副旅長可以一通電話，在一天時之內拿到新竹空 軍醫院的體檢單。
何江忠關洪仲丘決心讓洪仲丘心裏害怕，開始對外求援，打電話向旅長沈威志和政戰主任戴家有求助，也質疑自己被禁閉的合法性。也打電話向母親表達心中恐懼。 直到半夜終於把洪仲丘關禁閉文件搞齊，542旅憲兵官蔡忠銘，和269旅憲邱官郭毓龍發現，洪仲丘體檢表異常不能關，結果蔡忠銘被要求離開，而郭毓龍則 以：「上面已有交代」告之使他閉口。
洪仲丘被操死，是軍方故意行為，不只選擇全隊令人喪膽的人輪流操他，大量操練後不讓他喝水，洪仲丘死前不停為自己叫屈，說：「我差三天就退伍了，不會拿自己生命開玩笑」。
等到不行倒地，也不立刻送醫，直到晚上6點半送到醫院，已發燒攝土 44度，造成腦病變、肝衰竭、心肌病變、急性呼嘆窘迫症、橫紋肌溶解症、瀰散性血管凝血症，且瞳孔放大對光沒有反應，台大醫生柯文哲說：「中暑太嚴重，引發全身多器官衰竭、全身微血管管壁破壞，通透性變高，逢液不斷外流。」
這個轟動全台的洪仲丘案，想不到軍事檢察署不當一回事打起太極拳，將關禁閉責任全推洪仲丘身上，以他軍中不合群，一再犯錯，一再被原諒卻又違規，最後攜帶 違規拍照手機被查獲，氣得副連長劉延俊不得不在晚點名當眾斥責說：「我如果可以關你 30天，絕不會關你 15天，如果可以關你 14天，絕對不會關你 7天，我會以最重的懲罰來處罰你」。
最後副連長找來連長徐信正，和范佐憲上土，決定關禁閉。將洪仲丘死亡界定為私行不良，與連內人士不和引起。
因洪仲丘自恃快退伍，認為連上無法關他禁閉，激起敵愾同仇，因此連長徐信正出面求助副旅長何江忠上校，何江忠聽完大怒，斥說：「旅部連！你們連上竟然有這 麼囂張跋扈的人，說要退伍了關不到他，我已經協調好269旅副旅長，禁閉室有位置，趕快把程序完備，會議資料上呈旅部，明天早上把他送去禁閉室，你不關 他，換我關你」。
洪仲丘案虐死案，留下很多疑點成為全國關注。2013年 7月 18日洪仲丘死亡出殯，馬英九出席安慰家屬說：「痛心遺憾，深切檢討。」並向洪父表示：「會辦到底，給洪爸爸一個交代」。
不料就在全國期盼軍檢有作為時， 結果 7月 31日軍事檢察官曹金生偵結認定，「查無長官指示凌辱洪仲丘之實據，只有禁閉室管理士陳毅勳犯了凌辱部屬致死罪」。消息傳來，舉國嘩然，軍檢的素質和公正 性自爆國人面前，什麼時代了，還在為長官護航，扮演古裝戲給全國百性看。
電視直播下，軍方該給人民看的，該交代的證據，不是插頭壞掉，就是角度不對沒錄到、甚至推說錄影機久未維修。總之，軍事檢察官擺明的是軍中唯一檢察機構，我愛怎麼審就麼審，人民豈能奈我何？看到軍檢顢頇和護短現實，社會開始出現廢掉軍檢，移審檢調的呼聲。
真相了解愈多，同情洪仲丘的人就愈多。軍檢無法錄到的影片，後來一一現形，謊稱老舊錄影像，後來發現都是最新添購，可使用十年。
何況監視全軍的中央監視系 統，也沒被告知錄影當機問題，這都是軍事審判草菅人命的護褉，為求公平審判，「公民1985行動聯盟」，靠著手機網際網路，推動穿白衣「萬人送仲丘」晚會，想不到2013年8月3日竟號召25萬人走上凱道，外媒稱此為台灣「茉莉花革命」，台灣則自稱為「白色革命」，整個凱道和中山南路聚滿了人，大家齊唱 《悲慘世界》主題曲，「 你敢有聽着咱唱歌 …」，打開手機光圈，彷復銀色十字架佈整整個凱道夜空，連天使都下來慰藉洪仲丘。
人民開始要求廢棄軍事審判，將洪仲丘案移審檢調體系，雖然檢調體系開始不敢作為，在軍隊干擾下，只能針對軍隊條件調查，對虐死案的軍士官只能輕判，分別刻 以 6到 8 個月不等刑責。然而到了二審，眼見人民不滿情緒高漲，高檢和高院不敢怠慢，除了旅長沈威志被判無罪，其餘何江忠判刑 3年、劉挺俊 2年、范左憲 2年 8個月。陳以人 2年，連長徐信正 3年。台灣法院開始適應手軍事審判案件了，這是這次社會運動帶來的社會貢獻了。
1995年李登輝訪美，中國抗議要求李下榻飯店撤下我國國旗，李翔宙主動出擊捍衛，硬是讓飯店全程昇起國旗，開始被政府當局注意，歷任陸軍飛彈部指揮官，彭防部指揮官、憲兵司令、副參謀總長、陸軍司令。洪仲丘案爆發後，任國防部副部長，2014年 5月轉任國安局長。
2014年 6月 25日晉升中料院長張冠群等 5名中將 25名少將，使原住民現役將領從原有四人增加一人，達到五人。
18年前空軍作戰司令部謝性女童性侵命案，軍方錯殺士兵江國慶後，檢方一度認定真兇是另一士兵許榮洲，但最高法院也在 2014年 3月以缺乏直接證據為由，判決許榮洲無罪定讞。
2014年 7月 11日江國慶案監察院報告出爐發現江國慶案初審與更審的審判長，時任空軍作戰司令部軍事審判官呂德義，接受監委沈美直約詢時坦言「獨立審判在當時是不存在 的」，而長官的意見他不能不聽；呂德義舉例說，他傳證人或對外行文都要時任空軍作戰司令部軍法室主任曹嘉生的決行，為了遷就現實只好如此。
這個冤案，時任空軍作戰司令部司令陳肇敏為求速審，下達紙條簽註「許榮洲在軍法單位審訊時曾自白夥同他人涉及作戰部謝性女童命案，謹經軍法單位查證與測謊 與醫院檢查其精神狀態，若證實許兵為精神異常，突發性之舉措，各級幹部將防不勝防」，另一紙條又寫「本案議處等級仍似有再檢討商確餘地，請再與總政戰部三處協調，尋求可接受最低標準，以免遭受退案，亦顯賞罰之公正性。」江國慶案國防部賠償家屬 1億零 300萬元，其中陳肇敏應賠 3400多萬元，但受限國防部僅要求 1474萬元，台北地院僅能判賠 1474萬元。（四九八）
軍事法庭在洪仲丘案，在國人面前一再荒唐演出，讓人看了噴血，加上陳肇敏冤死小兵案，於是在全國論下，廢掉軍法庭改由各地法院審理。2015年 1月 30日總統府舉行海軍司令、副參謀總長執行官、空軍司令晉昇典禮。
2015年 2月因洪仲丘案前年去職的國防部長高華柱，2015年 2月接國安會秘書長。
當時接下國防部長的楊念祖，因涉及抄襲他人著作，六天後閃辭，2015年 2月也接任國安會諮詢委員。
張顯耀案洩秘案獲不起訴處份，因而辭職的陸委會主委王郁琦，也接任國安會諮詢委員。
新任陸委會主委夏立言即因莫拉克颱風婉拒外國援助引起爭議請辭的外交部次長職位，後來升官轉任國防部。
2014年 11月 29日參選屏東縣長失利的行政院政委簡太郎 2015年 1月即回鍋擔任行政院秘書長。
原為行政院政委的蕭家淇參選立委補選，曾以「我的選擇，絕無退路，不接受中央任何政治安排」，結果敗選不到三週，2015年 2月底擔任行政院政務委員。九合一敗選的曾永權，回鍋接任總統府秘書長。
至於1129 負積下台的前行政院釀江宜樺 2015年 3月出國前卻獲聘總統府資政，而謠傳幫助蔡英文的前國策顧問蔡得勝則以健康理由被迫辭職。洪仲丘到 2015年 3月底，共換了 4位國防部長，三位陸軍司令。2015年 4月 15日空軍中士蔡學良靶場中槍身亡，軍方以含槍自殺結案，蔡母不服，訴請空軍司令部賠償，一審認定蔡自殺，判蔡母敗訴。
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