幾乎與北京學生運動的同時，臺灣民進黨卻因統獨之爭有愈演愈烈趨勢。78年（1989）4月主張臺灣獨立掌摑朱高正，創辦《自由時代》雜誌的鄭南榕。
因刊登旅日學者許世楷的「臺灣新憲法草案」，被政府控以叛亂罪，
鄭南榕拒不出庭並堅稱：
「他們不要想來拘提我的人，他們只能拘提到我的屍體」。
結果在警察前來拘補時引火自焚。由於其願為理想犧牲精神，令人敬佩，博得「臺灣烈士」美譽。5月 19日就在鄭南榕告別儀式，萬人送行至總統府時為聲援鄭南榕，詹益華也跟著自焚。諷剌的是， 77年﹙1988﹚想回國，闖關失敗被逐的陳婉真，竟也出現在鄭南榕告別儀式中。
原想企圖扮演中立的朱高正，78年（1989） 6月對外發表「對新潮流路線的初步批判」，挑起民進黨內美麗島系和新潮流系，新一輪統獨論戰。黃信介竟以主席身份，出面要與臺獨黨員劃清界線，遭新潮流書面批評，勸黃信介「不要做黨分裂罪人」。
後來在姚嘉文和陳水扁，以「增強團結，避免分裂」調解下，達成暫時停戰共識。稍後民進黨並在桃園召集各縣市黨部主委，研商如何化解黨內派系惡性鬥爭。
76年（1986）體悟蔣經國晚年的民主傾向，伺機搶先返臺，搶奪黨外領導。 故而發起「自由返鄉運動」的許信良，隔年 10月偷渡返臺被捕。
這位主張「經濟無國度」的前桃園縣長，在美麗島事件曾被也是受難者作家楊青矗批評說，許信良曾是國民黨精英，故在事件發生前，早獲國民黨高層朋友告知，國民黨準備捉人，才使他以赴美進修為由，避開「美麗島事件」大捕。（一二三 90頁）
許信良出國後期冀在臺獨聯盟外另立一個反對團體，故而投身海外左派。直到蘇聯戈巴契夫上臺，提出對共產黨改造，整個西方左派勢力因此式微。75年（1986）10月在無計可施下，轉而準備在美國組黨，在彭明敏支持下成立「臺灣民主黨」。旋因民進黨組黨成功，故於海外響應，成立「民進黨海外支部」，聲明回臺入黨（二五六 37頁）。
就在臺灣高檢處檢察官葉金寶擬以叛亂罪嫌收押許信良時，民進黨主席發表聲明，如果國民黨不釋放許信良，將要求重審美麗島事件。10月 10日，林正杰也在該日，集結一萬多人至土城看守所，以「釋放許信良！許信良無罪！」以迎接許信良回家為由與鎮暴警察發生衝突，即所謂的「土城事件」。
78年（1989）10月就在三項公職大選前夕，第四屆民進黨代表大會，黃信介險勝新潮流推舉的陳永興，蟬連主席。為求該年底選戰勝選，新潮流系和中間派系共同組成「新國家連線」。由姚嘉文和林濁水擔任召集人和總幹事，卻被高檢處首席檢察長陳涵警告，嚴禁使用該名。
因此在 12月重新改名「新國家工作委員會」。新國家連線為凸顯臺獨主張，公開向政府挑釁。讓偷渡回臺為警總通緝，臺獨聯盟美國本部主席郭倍宏在警察圍堵中，公然在立委候選人盧修一，和省議員候選人周慧瑛的聯合政見會上出現。
為全場帶來高潮，事 後又在熄燈和群眾護航下，像羅賓漢一般從容離去，使圍捕的警方徒勞無功。因民意高漲，使得該次公職人員選舉，標榜「新國家」主張的民進黨，得票 29點 7%，而新國家連線推出32位候選人中，有 21人當選。在選舉過程中，民進黨指責南投、臺中市，以及臺南縣等地有作票嫌疑，引起群眾包圍縣政府與警察事件。因此緣故，民進黨要求選舉無效，但不為政府受理。
在民進黨不斷動員，以終止動員戡亂、總統民選等問題向政府抗議，使得 78年（1989） 12月底，李登輝不得不召見朝野國代提出說明。李登輝除強調政治改革須以循序漸進方式進行，對總統直選則表明尚無法律可循。
為此民進黨以「總統民選」及「聲援許信良」為名，發動萬人遊行至台北中山堂廣場。79年﹙1990﹚ 1月許信良就以偷渡及預備叛亂罪判刑7年8個月。
在民進黨統獨意識激化下，79年（1990）4月朱高正因違紀並公開譴責民進黨，被停權二年以為懲處。但他自以為有魅力，脫黨對外公開籌組「中華社會民主黨」，不到三年即又與「新黨」合作，在資源盡被吸收後成為泡沫而消失。不久林正杰亦退出民進黨，宣佈「寧做永遠的黨外」。
就在民進黨聲勢減弱時，郝伯村又刻意打壓臺獨言論。
但愈拙愈勇，民進黨以黃信介為首，包括張俊宏、姚嘉文、吳乃仁、陳永興等人，共同連署「我國主權不及中華人民共和國及蒙古人民共和國之領土」的主張，該年10月通過黨代表大會。就在民進黨有人陸續離開時，嘉義市長張博雅被邀請入閣。
80年（1991）2月又發生郝伯村在立法院施政報告，王聰松、吳勇雄在臺上不理性點火、撤冥紙，使郝伯村憤而退席事件。
不久立法院舉辦的「制憲列車」，民進黨團又因統獨意見不同，不願背書，並擬退出國民黨佔多數的立院議場，後經黨團表決八票對七票重返議場，險些釀成黨團分裂。
接著，吳勇雄舉發國泰百萬贈金案，在在都影響民進黨聲望和士氣。黨內鬥爭，加上未凝結共識的臺獨問題，使得民進黨在 80年（1991）11月二屆國代選戰中，以得票率不足 24%敗北。雖然如此，對民進黨的臺獨黨綱，反成為社會支持底線的測試。
選後民進黨重新以福利國等公共政策替代，刻意淡化統獨意識，使得隔年立委選戰，民進黨因此能突破百分之三十選票，創下空前佳績。
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