李政隆的新台灣史

鄭成功經略臺灣，先以屯糧為主。因當初攻臺，聽從何斌建議，以為一到臺灣，即可解決糧荒，故攻臺時僅備少量糧食，及至澎湖行糧已盡，搜括無所得。
不得已當晚冒雨起行。幸得天祐孤忠，原必經熱蘭遮城下的鄭軍，卻因鹿耳門海水突然暴漲，得以順利繞過熱蘭遮城，從北線尾和老灣之間攻入大員（安平）。
但所得糧食也僅夠半月。因欠糧，雖親自視察平埔族各社，所得仍少，與當時何斌所述不同。不得已，從圍城撥出兵力，立刻實施寓兵於農的「屯兵」政策。
故在6月初一面攻臺，一面劃分行政區域，以赤崁為東都明京，設承天府。另於南北兩處，設天興及萬年兩縣，且將臺灣城改為安平鎮。並以贊成攻臺的楊朝棟為首任府尹。並於6月14日，宣佈了8條「撫臺」令諭，其內容如下：
1、 天府安平鎮，本藩暫建都於此，文武各官及總鎮大小將領家眷暫住於此。隨人多少圈地，永為世業，以佃以漁及經商取一時之利。但不許混圈土民及百姓現耕田地。
2、 各處地方，或田或地，文武各官隨意選擇創置莊屋，盡其力量，永為世業；但不許混圈土民及百姓現耕田地。
3、 本藩閱覽形勢，建都之處，文武各官及總鎮大小將領，設立衙門，亦准圈地創置莊屋，永為世業；但不許混圈土民及百姓現耕田地。
4、 文武各官圈地之處，所有山林及陂地，具圖來獻，本藩薄定賦稅，便屬其人掌管；須自照管愛惜，不可斧斤不時，竭澤而漁聯後來永享無疆之利。
5、 各鎮及大小將領官兵派撥汍地，准就彼處擇地起蓋房屋，開闢田地，盡其力量，永為世業，以佃以漁及經商；但不許混圈土民及百姓現耕田地。
6、 各鎮及大小將領派撥汍地，其處有山林陂地，具啟報聞，本藩即行給賞；須自照管愛惜，不可斧斤不時，竭澤而漁聯後來永享無疆之利。
7、 沿海各澳，除現在有網位、罟位，本藩委官徵稅外，其餘分與文武各官及總鎮大小將領前去照管，不許混取，以候定賦稅。
8、 文武各官開墾田地，必先赴本藩報明畝數而後開墾。至於百姓必開畝數報明承天府，方准開墾。如有先墾而後報，及少報而墾多者，察出定將田地沒官，仍行從重究處。
以上令諭，主要係因應需要，撥發土地予文武各官及各鎮大小將領官兵以獎勵生產，充足稅賦為目的。其中有4條，列明所有文武官員，及各鎮大小將領官兵，在自由圈地時「不許混圈」土民及百姓現耕田地。
表面看來這像是為保護當地平埔族及百姓。事實上，鄭成功來臺即無視當地平埔族土地，以「屯兵」需要將土地交予文武各官，及各鎮大小將領官兵。
而令諭內容，表面除安撫平埔族外，主要也是保護鄭成功由荷蘭人手中接收過來龐大的「王田」利益。設使不下此令而讓官兵搶耕「王田」，對鄭成功的損失將不可估計。
鄭成功到臺後，亦知部下多海盜，若不嚴法，臺灣不足為治，他曾言：
「子產治鄭，孔明治蜀，皆以嚴從事。況立國之初，不加一番整頓則流弊不可勝言也。」
為示決心，入臺不久，即以搶掠百姓，監匿米粟，斬殺宣毅後鎮吳豪，綑革右虎衛陳蟒。後又以小斗散糧，殺承天府尹楊朝棟一家，又殺萬年縣知縣祝敬，將其家屬發配功臣為奴。至此人心惶懼，立法乃立。
寓兵於農政策
事實上，當時赤崁一帶佈滿平埔族。因鑑於過去郭懷一，抗荷事件失敗，乃因平埔族出兵助荷。故一面攻城，一面採懷柔政策，招降平埔族，賜以禮物。
楊英在《從征實錄》中，有如下描述：「各近社土番頭目，俱來迎附，如新善、開恩等里，藩令厚宴，並賜正副土官袍帽靴帶。由是南北土社，聞風歸附者接踵而至，各按例宴賜之，土社悉平懷服。
平埔族也鑑於鄭成功人海戰術的強大，因而敢對荷蘭人宣戰。為避免傷亡，除少部份抗鄭外其餘皆降。因此鄭成功的「屯兵」政策，可說在毫無抵抗下實施。
其「屯田」概可分為4種：「官田」分兩種，鄭成功接收荷蘭人過去移民所耕的「官佃田」又稱「王田」，以及授予文武官員的「文武官田」二種。
「王田」部份皆屬水田，由鄭氏家族提供疏圳、耕牛、農具及籽種等給官佃，等收成後，官佃每甲再按上則田18石、中則田15.6石、下則田10.2石繳給鄭氏家族。
清代首任諸羅知縣季麟光，曾批評明鄭時，官田稅之重幾為全國之冠，他說：「海外之田，內地不同；內地之田多係腴壤，為民間世守之業。
臺灣水田少而旱田多，砂鹵之地其力淺薄。……況（全國）田租之最重者，莫如蘇、松等府，每畝輸納1斗5、6升至2斗止矣。
今（臺灣）田園1甲計10畝，徵粟7石、8石；折米而計之，每畝至4斗、3斗5、6升矣。民力幾何？堪此重徵乎？……
況官佃之田園，盡屬水田，每歲可收粟50餘石，鄭氏徵至18石、16石，又使之辦糖、蔴、荳、草、油、竹之供（稅）。文武官田園，皆陸地荒埔，有雨則收，無雨則歉；所招佃丁，去留無定；故當日歲徵粟12萬有餘。」（二六二 106頁）
清初賦稅本就嚴苛，從季麟光的形容可知臺灣田稅之重，尚為中國各地最重稅的蘇、松等府的3倍有餘。況蘇、松等府土地豐腴，不似臺灣淺薄。
而明鄭徵稅更重，又比清初稅賦更重有2到3之多。若要形容當時稅收，用「暴虐苛政」形容並不為過。
「文武官田」雖為荒埔地，給明朝王親國戚耕耘，仍需納賦，如明寧靜王朱術桂，在高雄竹滬一帶開發數10甲地，鄭氏「從而徵其田賦，悉索募應（三六 93頁），上則田徵粟3石6斗，中則田3石1斗2升，下則田2石4升。
上則園每甲徵粟2石4升，中則園1石6斗6升，下則園1石8升。而佃農除繳交上述田賦外，須另給一定比例予這些文武官員，故稱為「私田」，係承租給佃農耕種的，又稱「租田」。
「營盤田」，則是給派駐各地的兵丁屯墾的田。鄭成功實施屯兵制曾言：
「今臺灣乃開創之地，雖僻處海濱，安敢忘戰。暫爾散兵留勇衛、侍衛兩旅以守安平鎮承天二處，其餘諸鎮，按鎮分地，按地開荒。日以什一者瞭望（十分之一守望）。相連接應，輪流選更，是無閑丁，而無逸民。
插竹為社，斬茅為屋，圍生牛教之以犁，使野無曠土，而軍有餘糧。其火丁（伙夫）則無貼田，如正丁出伍，貼田補入（以田補貼收入）可也。……三年開墾，然後定其上中下則，以立賦稅。
但此三年內收成者，借十分之三以供正用（供稅）。農隙則訓以武事，有警則荷戈以戰，無事則負襄以耕，寓兵於農之意如此。」（二六三 206頁）
營盤田只有「正丁」才有，所謂「火丁」是沒有的。而其家屬除非役殁，或退役出伍，其家屬才可繼承。前3年給錢開墾，收成3/10借為稅用。
而營盤田可以繼承，「永為世業，以佃以漁及經商」都可以。而為保護承天府，在有限的兵力下，這些田也僅能散在大員（安平）附近。
重稅苛政
明鄭稅賦最不合理的乃是抽田賦稅，以及抽各種農漁作物稅外，又抽很重的「丁稅」。季麟光也批評說：
「大江左右（長江一帶）田稅既重，丁稅不過1錢；且有一家數口，而報一丁；或按田 2、30畝，而起一丁，未有計口而盡稅如臺灣者；未有每丁重至4錢8分如臺灣者也。今既多其粟額，而又重其徵稅；較之鄭氏已減，較之內地則實難。」（二六二 106頁）
從上面稅則看，明鄭的稅賦不只比後來的清朝多，且比早期荷蘭統治時，抽的稅更重，不只田賦抽稅至1/3以上，而「丁稅」也從荷蘭時代的2錢，提高到「不分主客，計口計丁，每一丁，年徵銀6錢。」連小孩也計算在內。
至於平埔族的稅賦，則更重，分為兩種。既徵「丁口米」，又徵集體的「社餉」。《臺灣府志》記載：
「種地之番，鄭不分男婦（女），概徵丁米。識番字者，呼為教冊番，每丁歲徵粟1石；壯番1石7斗，少壯番1石3斗；番婦亦每口1石3斗」。
至於「社餉」，則沿荷蘭之制，各社由商人喊價，包辨其所有買賣，包括狩獵物的買賣等。明鄭稅餉既重，項目也繁多，所謂「百百稅」。
乾隆17年（1752）魯鼎梅輯《重修臺灣縣志》，亦稱：「按厝餉、磨餉，俱始於偽鄭。」（二六四120頁）
其中最不合理的，則爲水餉雜稅。《臺灣通志》曾批評說：
「水餉雜稅之徵多屬鄭氏竊據時苛政，而最重者莫如船港諸稅。夫船出入於港，而罟、罾、縺、蠔則取魚蝦牡蠣於港者也。乃既稅其船又稅其罟、罾、縺、蠔，且稅其港；蓋一港而三其稅焉！嗟此蠏蛤蚩蚩，有不望洋而興歎，相戒而裹足哉。」（二六五249頁）
可見明鄭苛政之一般。

鄭成功治臺很短，無法看出什麼成果。倒是「屯兵」制不久後顯出效果。蓋自鄭成功東征來臺，留守金廈諸將皆抗命，不發一船來援致使糧絕。
鄭成功為此奔波，甚至達「官兵至食木子充飢，日憂脫巾（脫袍投降）之變。」的境地。除派人於鹿耳門等候糧船外，若有官私船東來者盡行買糴（糧）給官兵。並於4社秋收時持金10錠去買禾粟，但也只可給食10日。
而「屯兵」初時，疾疫大作，加上水土不合，死者更多。《臺灣外記》也記：
「時臺地初闢，水土不服，病者即死。故自各島搬眷，俱遷延不前。」
臺灣初闢的困難，在缺糧下又要招撫番社，又要包圍熱蘭遮城，其困難可想而知。而臺灣的危險，也使金廈各島將士，不肯搬眷來臺。即使為了爭奪權力，一度來臺的鄭經，等權力到手，也以剿除鄭泰為名，回駐廈門。
直到永曆18年（1664），金廈為清所陷，加上降將黃梧獻平海5策，沿海既遷界，無法掠取糧餉。鄭經只好率眾來臺，而當時臺灣的開墾，已有成效，足可提供來臺將士之用。
來臺後的鄭經，為加緊儲糧，因此，採用諮議參軍陳永華的建議，開始經略臺灣。陳永華，字复甫，福建同安人。永曆初，投靠鄭成功，因有幹才，為鄭成功賞識，授參軍職。
永曆15年（1661）晉升為諮議參軍，協助鄭成功攻臺。鄭成功死後，輔佐鄭經開始經營臺灣。
明永曆18年（1664），來臺後的鄭經，在陳永華輔佐下，除繼續實施寓兵於農的「屯兵」政策外。重新規劃行政區域，改東都為東寧（台南市）。
並改東興及萬年兩縣，為東興（台南縣北）及萬年（台南縣南）兩州，分諸將土地。課耕種、徵租賦、稅丁庸。並於南北兩路分設安撫司，鼓勵各鎮墾殖。
澎湖因地位重要，除設安撫司外，另置部隊防守。對於東寧府的建設，也能在荷蘭人既有的建設上，添加建設。使其更壯觀宏偉，他在柴頭港（臺南市大甲里）建窰，教人製磚瓦。並派人往內山伐木取材，以建造街道房屋，及衙門房舍。
並以荷蘭人留下的十字街，為經緯，劃分四坊，名東安、西定、寧南和鎮北。各坊置有簽長（區長）。4坊總計24里，實施明代保甲制，里設里正。其里，再編以10戶為牌，設牌首。10牌為甲，設甲首。10甲為保，設保長。
上下層次分明，管理容易。而對於原有平埔族散居其內的東寧府，以及平埔族人數較多的新善、開恩等里，則仍為社，社設鄉長，由社中頭目擔任，以理番務。
陳永華經略臺灣
明永曆19年（1665）開始以明朝體制蓋孔廟，建學校。起初，鄭經以臺灣地狹人疏為由擬暫緩，但陳永華勸之：
「成湯以百里而王，文王以七十里而興，豈關地方廣闊？實在國君好賢，能求人材以相耳。今臺灣沃野千里，遠濱海外，且其俗醇，使國君能舉賢以助理，則十年生長、十年教養，十年成聚，三十年可與中原相甲乙，何愁其狹促稀少哉？
今既足食，則當教之，使逸居無教，何異禽獸？須擇地建立聖廟，設學校，以收人才，遮國有賢士，邦本自固，而世運日昌。」
鄭經納其言，永曆20年（1666）終在承天府內，建造全臺第1座孔廟。其旁置有明倫堂。陳永華對學校設置，亦沿明朝科舉制度，設有學院、府學、州學、社學等四種。
「三年兩試，照科歲例開試儒童，州試有名送府，府試有名送院，院試取中，准充入大學，仍按月月課，三年取中試者，補六官都事，摺用升轉。」
至於偏遠的社學，則沿襲荷蘭時期由識字的平埔族教學，稱「教冊番」，享有歲納1石之優待。明鄭時期對臺灣教育貢獻十分有限，僅限東寧府附近，不似荷蘭和西班牙，教化至非常偏遠地區，且有不畏死傳教士為前導，在各處設立學校。
但因陳永華主張在東寧府，設置象徵中國封建儒教的孔廟，因而成為臺灣教化典範為後人歌頌。
臺灣在陳永華帶領下，除獎勵開墾，振興糖業等寓兵於農政策，也從事外貿，爭取外匯。然而這些事業所得，不足應付抗清的龐大軍需。
尤其永曆28年（1674）鄭經趁三藩之亂西征。以陳永華為勇衛兼留守東寧總制使，治理臺灣一切事宜。
三藩亂初始，臺灣尚能供給糧餉，但到該年底，因招募兵員過多且鄭經在廈門設六官，在財源不足下開始對攻佔各府、州、縣徵錢糧，也徵丁口稅稱為「毛丁」。
規定百姓年16歲以上，60歲以下者，每人每月納銀5分。
此外又徵船、鹽等稅以給兵食，但不長久，因鄭經一再背信耿精忠，促使耿精忠降清反攻鄭經，戰況急轉直下對鄭經十分不利，而臺灣蕞爾小島如何能長期供應，終因糧餉不繼致使兵潰。
鄭經不得不於永曆34年（1680）撤退回臺。而臺灣也因重稅，加上天災連連，米價騰貴，民不聊生，人心思變，種下明鄭敗亡的主因。

散居在臺灣西南部一帶的平埔族，原無人統治，經荷蘭人治理後，仍盼望回復原來狀況。故明鄭攻臺，誤以為可以解脫荷蘭人統治雀躍不已。
不只新港4社不加抵抗，南部鳳山8社，甚至也有殺荷人取悅鄭軍之舉。當時正值鄭成功與荷蘭人用兵。惟恐平埔族助荷，故為安撫一面奪其土地，實施「屯兵」制。
一面則在攻臺不久，6月14日提出有名的撫番8條令諭。對於平埔族首次秋收，也能遣兵以錢購買。但這只是在金、廈抗令，「俱遷足不前」，有限兵力下，對赤崁附近不得不作的懷柔政策。偏遠地區則不如此。其治理則不出海盜作風。
康熙43年（1704）江日昇著《臺灣外記》記載：
「順治18年（1661）7月，張志、黃明縱管事楊高凌削土番，大肚番阿德狗讓殺（楊）高反。成功令楊祖征之，祖與讓戰，中鏢鎗死，其鋒甚熾，欲出援荷蘭。功復令黃安、陳瑞二鎮往征。安設伏誘戰，遂斬阿德狗讓，撫綏餘黨，班師。」
說明在偏遠的北部，明鄭開始以剝削平埔族為治理方針。當時，平埔族為臺灣最大人口。
事實上，明鄭由於清朝實施二次遷界，加上本身苛稅甚重，瘴疫盛行，不只移民不多，甚至很多叛逃，尤其到明鄭晚期，幾乎已到人人思叛潛逃的地步。
明鄭統治後，曾與之貿易往來的英國東印度公司遺留的文書記載，永曆24年（1670）稱有屯兵約7萬人。
永曆27年（1673）代表耿精忠來臺洽談聯合攻清的王鏞，歸回後描述鄭經的部隊說：「兵不及萬，船不滿百。」
臺灣兵力之少，使耿精忠對鄭經部隊從極重視到輕視，這是後來造成彼此內鬥的主因。
明鄭從永曆28年（1674），雖說鄭經以2千兵力開始西征，但8年征戰，從臺調兵遣糧者多，死亡更巨。
永曆34年（1679）清朝福建總督姚啟聖在漳州設「修來館」，以高官厚錄收買人心，並不加罪於過去投降明鄭之清兵。效果很好，日降數百，加上鄭經糧餉不繼，部將多降，鄭經僅存馮錫範、劉國軒等極少數兵將，慘敗回臺。
而施琅征臺，澎湖一役，消滅和擄獲鄭軍2萬餘人。最後以1萬兵力，兵臨城下，迫其投降，可見當時臺灣兵力之薄弱。
尤其明鄭降清後，施琅使其「文武官員、丁卒與各省難民相率還籍」。在當時運輸量極有限情況下，不到一年，甚至就達「近有其半」的數目。
可知明鄭未期，臺灣移民其人口數實在很少。清朝首任臺灣知府，蔣毓英修《臺灣府志》，其中「戶口」提到明鄭當時人口：「口偽額21,320人。」（一八八，14頁）與不久後，清朝清查臺灣漢人「16,820人」相差不多。
臺灣平埔族
由此可知，明鄭統轄的臺灣，仍以平埔族為主，而其人口，施琅曾上書康熙：

鄭經在臺灣並不因滿清將其視為海外而息戰火，仍以經略中國為目標。
明永曆帝24年（1670）以招討大將軍名義，致書平西王吳三桂。以「今者四海顒望，惟殿下一人」期望吳三桂舉事。而「敝國雖小，樓船千艘，甲士十萬，惟殿下所使之。」鄭經願以臺灣之力協助。
果然明永曆27年（1673），中國暴發以吳三桂為首的「三藩之亂」，而駐守福建的靖南王耿精忠，因此致書鄭經相約抗清。

明鄭對外關係，是繼續鄭成功時代的對外貿易政策，與之貿易的國家，有東方的日本和琉球，西方的葡萄牙、西班牙和荷蘭等國。
然而當鄭成功攻佔臺灣後，與之貿易的國家就分成兩個集團，有在明鄭統治臺灣期間，始終與明鄭為敵的荷蘭，以及後來想與中國貿易不成，最後與明鄭互市的英國。還有在其間游離的日本和西班牙。
荷蘭因兵敗雖退出臺灣，仍一心想回臺，清朝福建總督李率泰清楚其意圖，認為可利用，來驅逐明鄭在中國的勢力。
康熙元年（1662）荷蘭海軍司令巴連衞林（Bathasar Bort）率12艘軍艦到閩江口，企圖遊說清廷，共同攻打金廈和臺灣，使臺灣重回荷蘭統轄。
第2年始達成軍事協議，清並應允其2年可至中國貿易1次。於是清荷聯合艦隊攻打金廈，使得明鄭因此失掉在中國根據地的金廈。
但滿清因懼荷蘭據臺，對其不利，故對其攻臺一再敷衍，不得已荷蘭只好自已攻臺。永曆19年（1665）攻佔雞籠，留部將比爾特（De Bilter）等200人駐守，永曆22年（1663）為勇衞黃安驅逐，名將林鳳在該役中陣亡。
永曆28年（1674）鄭經西征初勝後敗，最後靠著水師力量，佔有海澄和金廈，清朝於是又想藉荷蘭人攻取金廈，於是遣代表到巴達維亞請兵，但因滿清曾背信於荷蘭，故荷蘭無意出兵。
最後永曆37年（1683）清兵決定攻臺，恐力有未逮，復檄荷蘭海軍前來助戰，可是荷蘭海軍尚未到前，臺灣已投降，自是已不再需要荷蘭人，故協議因而作罷。
相反的，與明鄭關係良好的英國，卻是康熙3年（1664）才到中國，來尋求貿易，卻為葡萄牙所阻。不得已於永曆24年（1665），到臺灣尋求貿易機會，當時鄭經正尋求貿易夥伴。
故英船來到，不僅倍受禮遇，並在該年簽訂，允許與英國自由貿易的20條協議，出口免稅，而進口僅抽3％的進口稅，雙方並相約，每次英船前來，必載有明鄭所需的火藥和槍炮。
自此英國便成明鄭海外貿易的最大夥伴。及至鄭經西征，也允許英國人到其轄區內貿易。永曆31年（1667）並在廈門設立商館，隨著鄭經初期在中國的勝利，也帶來英國對中國貿易的期待。
後來鄭經戰術失敗，英國也隨其腳步退回來臺。由於明鄭出征中國，欠債者多，晚期英國在臺的貿易並不多。可以說，明鄭晚年，英國都忙著辛苦追討這些債務。而這些債務，最後也隨著明鄭降清，最後不了了之。
而明鄭雖也與日本貿易，但因貿易初期，明鄭扣留赴中國的琉球貢船，引起日本不悅斷絕雙邊貿易。直到永曆28年（1674），鄭經西征急需日本的武器，於是利用一日船，因颶風被漂來臺機會，款待來客，並為之修復船隻，且拒收謝銀，並謂彼此同為一家，而恢復貿易。
與日本的貿易，明鄭則以購買兵器為主，而輸出則以砂糖、鹿皮、米榖和藥材，據英人記載，臺日之間的貿易每年幾乎有50船之多。
而對西班牙的貿易，因菲律賓兩度殺害，數以萬計的華人，與明鄭留有很深的宿怨，永曆20年（1666）年，為化解間隙，呂宋總督曾遣傳教士前來，希望恢復雙邊貿易，並來臺宣教和蓋教堂。
恢復雙邊貿易，雙方約定互相保謢對方船隻，且往來船隻，皆須進貢舵桅，如違約當興師問罪。至於來臺宣教和蓋教堂，則為陳永華所拒。
而西班牙和明鄭的關係，表面上至此似已改善，但在西班牙的眼中，明鄭仍是其最大威脅。
而在明鄭眼中，大敵當前，不得不與之協議周旋，但事實上，則恨之入骨，幾次想找機會滅之而為快，可惜，幾次有意出兵攻打菲律賓，都因事出意外而作罷。
直到明鄭降清，都無此機會，成為為明鄭直到投降，仍不能完成的一件憾事。

鄭經因兵敗，回到東寧，不理國事，終日飲酒作樂。而陳永華又中馮錫範的奸計，相約解去兵權。等陳永華解去勇衛兵權後，馮錫範卻置之不理，反回頭掌握兵權，陳永華始知中計，因此鬱悶而卒。
不久後，鄭經亦亡，遺命鄭克臧繼任。鄭克臧取陳永華之女為妻，深受鄭經信任，鄭經西征時，特委以世子監國。由於鄭克臧嚴守律法，有其祖鄭成功風範，因此得罪不少群臣。
馮錫範於是串聯失意將領，及國戚造謠，說鄭克臧非鄭經親生且又嚴法，將對鄭家親族不利，不宜接替王位，入告於鄭經母親董夫人，收其監國印後，並加以縊殺，其妻陳氏並以身殉。
鄭克臧死後再以其弟，年僅12歲為馮錫範女婿鄭克塽代之。繼任後的鄭克塽年幼，加上馮錫範弄權，從此鄭氏一朝走向衰亡。永曆37年（1683）7月，清康熙皇帝因10次招撫不成，遂命靖海將軍施琅率兵東征。
施琅，福建晉江人，原名施琅為鄭成功部屬，屢建奇功，後因私斬部屬構隙於鄭成功，復又因部隊缺糧搶奪永寧及崇武二城，遭鄭成功斥責而迭有怨言。
於永曆5年（1651），全家為鄭成功所擒，施琅私自脫逃，鄭成功遂殺其父、其弟及一子一姪。因此恩怨，投清後的施琅，一意以復仇為志。由於精通水師，屢破鄭軍，康熙元年（1662）擢水師提督，次年又因攻克廈門有功，敘加右都督。康熙3年（1664），加授靖海將軍。
雖然施琅一意報仇，以攻臺為志。多次奏陳攻臺策略，然而以少數兵力統治中國的滿清，惟恐軍力不足，多有損傷，故以招降為政策，不但裁水師提督，改授施琅為內大臣。
直到康熙12年（1673）鄭經西征，使滿清體認到，明鄭若未能招降，有摧毀的必要。康熙20年（1681），清廷趁鄭經逝世其子克塽年幼即位，加上部屬爭權，認為時機成熟，重授施琅為福建水師提督加太子太保，於康熙22年（1683）6月率水師精兵2萬，戰船200艘攻臺。
澎湖一役打敗劉國軒所率2萬部隊。劉國軒全軍皆沒，1萬5千人死亡，5千人被擄，而劉國軒本人則趁亂駕小船脫逃。
劉國軒既敗回臺，臺灣抗清士氣頓時瓦解，以馮錫範為首諸人以為可攜眷，率兵南下取呂宋，其中建威中鎮黃良驥更以為「今日澎湖失守，臺灣勢危，不如將大小戰船及洋船配載眷口兵士，從此山邊直下，取呂宋為基業。
呂宋於1640年及1662年二次殘殺華人，每次死亡數萬人，其中多有明鄭寓居於菲島部下。永曆16年（1662）鄭成功本有意攻打呂宋，無奈暴病身亡。
永曆26年（1672）經多年的休養生息，中國又無機可乘，於是鄭經部將顏望忠、楊祥等重提攻打呂宋情事，但因馮錫範以師出無名反對而作罷。
隔年（1673）等鄭經決定興師攻打呂宋，卻因三藩之亂起無法成行，故攻打呂宋終成明鄭無法完成的宿願。
故有人主張既無法抗清就利用此時南下攻打呂宋時，但為暗中與施琅談妥投降後仍授為總兵的劉國軒所阻，並且多年征戰，橫徵苛斂，人心惶恐，叛降者多。
加上正談判投降細節時，施琅突然率1萬清兵，兵臨城下，是戰是和無人定奪，最後只好採劉國軒建議投降，結束明鄭一朝在臺22年的治理。

康熙22年（1683）明鄭降清至清光緒22年（1895），中日甲午戰爭割讓臺灣給日本為止，清朝統治臺灣總計212年。歷經了康熙至光緒等8位皇帝，72位閩浙總督或福建總督，以及總督轄下83位福建巡撫的治理。
光緒13年（1887）臺灣建省，建省後又歴經劉銘傳、邵友濂、唐景崧等3位臺灣巡撫的管轄。事實上，滿州人自入關取得中國領土，實出乎意料。因此對於中國以外的土地取得興趣盎然。故在康熙3年（1664），攻下中國最後一塊土地金、廈時，認為已完全取得中國。
至於海外臺灣，則認為沒有攻打必要，故在康熙6年（1667），施琅出兵攻臺，在澎湖遇颱失敗後，就召回施琅，授以內大臣一職，準備予以閒置。並取消沿海禁界命令，令民展界返岸復業。
後因三藩之亂，鄭經也加入反清行列，故於康熙17年（1678）重頒禁界命令，加上10幾次招撫都未能成功。使清朝覺悟必要對臺出兵剿除，才能確保國土安全。
故利用鄭經死後內部不隱，於康熙22年（1683）派遣靖海侯施琅帶兵攻臺，果然奏效。澎湖一役殲滅明鄭近2萬人，種下明鄭不得不降的主因。
然而，對於是否要治理臺灣則成為爭論。因滿清以10萬兵馬入關，經數10年征戰，急需生養。在不同的種族情結下，如果再因治理海外臺灣耗損國力，恐得不償失。
故雖有施琅等一再奏陳，臺灣地位重要且「戶口數十萬」為由，奏請應納入治理並加尊號。但朝廷卻以「臺灣僅彈丸之地，得之無所加，不得無所損。若稱尊號、頒赦詔，即入於矜張粉飾，不必行。」為由回絕。
康熙23年（1684），施琅再以親征來臺的經歷，力陳守臺的重要，他奏陳臺灣不但土地肥沃，物產豐富，且人口眾多。
「臣奉旨征討，親歷其地，備見野沃土膏，物產利溥；耕桑並耦，漁鹽滋生，滿山皆成茂樹，遍處俱植修竹，硫璜水籐，糖蔗鹿皮，以及一切日用之需，無所不有。……臺灣人民稠密，戶口繁息，農工商賈，各遂其生。
像這樣的地方不加以統治只知「徙棄，安土重遷」，致使百姓失業流離實非經營長策。又說：
「況以有限之船，渡無限之民，非閱數年，難以報竣。使渡載不盡，苟且塞責，則該地之深山窮谷，竄伏潛匿者，實繁有徙；和同土番，從而嘯聚，假以內地之逃軍流民，急則走險，糾黨為崇，造舟制器，剽掠濱海。此所謂藉寇兵而齎盜糧，固昭然較著者。……
甚至此地原為紅毛住處，無時不在涎貪，亦必乘隙以圖。一為紅毛所有，則彼性狡黠，所到之處，善為蠱惑人心。重以夾板船隻，制作精堅，從來無敵於海外。未有土地可以托足，尚無技倆；若既得數千里之膏腴，有以依泊，必倡合黨夥，竊窺邊疆，逼近門庭，此乃種禍。
後來沿邊諸省，斷難晏然無虞。至時復動師遠征，兩涉大洋，波濤不測，恐未易再建成效。如僅守澎湖，而棄臺灣，則澎湖孤懸，汪洋之中，土地單薄，界於臺灣，遠隔金、廈，豈不受制於彼？
是守臺灣即所以固澎湖，臺灣、澎湖，連為臂指，沿邊水師，汛防嚴密，各相綺角，聲氣相通，應援易及，可以寧息。
因臺灣地位重要，實有治臺的必要，故在結論中，他直陳：
「臺灣一地，雖屬外島，實關四省之要害。無論彼中耕種猶能少資兵食，固當議留；即為不毛荒壤，必藉內地輓運，亦斷斷乎其不可棄。惟去留之際，利害攸係。
我朝兵力，比於前代，何等強盛。當時封疆大臣，狃於目前苟安，為計劃遷五省邊地，以備寇患，致賊勢愈熾，而民生顛沛。往事不臧，禍延及今，致遣朝廷宵旰之憂。」
最後，在施琅力陳下，又獲得大學士李霨等的認同，終於打動康熙治臺決心。康熙23年（1684）4月14日下旨將臺灣納入版圖，清廷於原有明鄭領地內，將承天府改為臺灣府，隸屬福建巡撫管轄，另設台廈兵備道統纜文武。
並以曾文溪、二仁溪為界，設置3縣，除臺灣縣，內闢府轄區外，曾文溪以北為諸羅縣，二仁溪以南為鳳山縣，直抵淡水溪（高屏溪）。
臺灣縣以下設有臺灣縣丞、新港巡檢、澎湖巡檢。鳳山縣以下設有淡水（高屏溪）巡檢；諸羅縣以下則設佳里興巡檢。
至於武治，除府治設鎮標營置總兵一員外，也以曾文溪為界分設南北兩路協標營，北路置諸羅（嘉義）設副將一員。而南路置於鳳山設參將一員。
另於澎湖、安平設水師二協標營各置參將一員，其水師之兵源則由福建之海壇、金門、閩安及廣東之南澳等水師抽調，至此，臺灣始為清朝統轄。

臺灣雖為清廷統治，然而當時的滿清甚至中國人，皆以為中國為世界的中心，根本無視四鄰國家的發展，何況海外。因此對臺灣的治理，始終以防止成為海寇聚集地，免蹈明朝海寇為害的濫殤。
故治臺之初，不但不用心臺灣政治，革除明鄭時的苛稅，照當時施行在福建省的稅賦，平等對待臺灣人，僅以「照舊」二字，使臺灣又陷入明鄭苛稅。雖然當時施琅也曾上疏力爭：
「今部臣蘇拜等所議錢糧數目，較偽藩鄭克塽所報之額，相去不遠。在鄭逆當日潛稱一國，自為一國之用度。因其人地，取其餉賦，未免重科。茲部臣等奉有再議之旨，不得不就此數目覆議。
然仍無法改變清朝粗糙治臺，海外偏安的想法。另一方面，為避免漢人在台聚眾成寇，於是採侍郎蘇拜的建議，將在臺漢人盡徙內地。事實上，施琅在《陳臺灣棄留利害疏》時，曾言及臺灣人民稠密，戶口繁息，若欲將在臺漢人盡徙內地「以有限之船，渡無限之民，非閱數年，難以報竣。」
然而施琅所見，實為漢化平埔族雜處情形，等到真正重遷，才發現在臺漢人不多，故征臺第二年，施琅又上疏：
「自臣去歲奉旨蕩平偽藩，偽文武官員丁卒與各省難民，相率還籍，近有其半。
事實上，明鄭在台漢人不多，記載在《福建通志》則稱全臺人口共漢丁口「16,820」。而正確數目可以下列資料驗證。即明鄭抽取厝餉（房屋稅），故從厝的稅收數，可檢驗此人口數目的合理性。
康熙24年（1685）諸羅首任知縣季麒光，曾對當時清廷以明鄭舊額，「照舊」對臺民收厝餉時提出異議。他覆議時曾多次談到臺灣情景，其中對臺灣府房厝數目有詳盡的說明，他覆議：
「街市店厝偽額共6,270間半。今臺灣人民星散，傾壞甚多，除倒壞1,565間半，實在瓦厝2825間，草店厝1,880間。諸羅縣所轄俱係番社，並無街市店厝，合併聲明請免。」（二六五上247頁）
明鄭移民因競相還籍，故房屋傾壞者多，統計全台僅賸4千7百多戶，其中諸羅縣因係番社故無房厝。除厝數外，明鄭兵員集中的安平鎮，他也說：
「鎮省渡船34隻，年徵銀400兩。查鄭克塽及偽文武皆住安平鎮。往來絡繹，故有是餉。今止住營，兵稅從何來？」清楚說明安平鎮及臺灣府民居情形。
由此可知當時移民實際不多，何況這些房厝還包括有番民雜處在內的人口。所以首任臺灣知府蔣毓英修《臺灣府志》，對報丁的「戶口」記載，說：
「口偽（鄭）額二萬一千三百二十，底定存冊一萬二千七百二十四。」其報丁繳稅的人口數，又比《福建通志》所記載的還少，可見隨著歲月遷移，許多在台漢人還在相繼還籍。
康熙27年（1688）《華夷變態》記載，曾有臺灣船駛入長崎，稱尚有2船準備渡海到長崎，然因人口減少，無種甘蔗的人，糖產量已大為減少，恐載貨不足不能啟程，以前臺灣甚為繁盛，居住的漢人有「數萬」。
自隸清後，居民年年回歸漳泉、廈門等地，現僅有漢人「數千名」。故糖和鹿皮的生產已不及從前1/10（一八七34頁）。
而臺灣漢人的減少，不只臺灣府，明鄭時闢有27處港口，除散佈於曾文溪和二仁溪間，所謂台江7個港口外，其餘皆已為全台南北往來交通樞杻，像打狗、笨港、鹿港、淡水和雞籠港等，對這些港口，季麒光也說：
「查港社係土番所居，紅毛始設，贌商稅額尚輕，偽鄭因而增之。」（二六五上245頁）
這些港口因部份移民離去，仍有六個港仍未承贌（租）出去，其餘21港則已減價3/10承贌出去了。這段敘述，從港口也採平埔族的承贌制度，說明了臺灣許多重要地方，皆為平埔族，而且顯明清初平埔族人除耕作捕獵外，也熟知捕魚、從商儼然漢人樣式。
這也是為何施琅初抵臺灣，有「臺灣人民稠密，戶口繁息。」之說。面對這麼多人，若欲盡徙內地，而有「以有限之船，渡無限之民。」的感嘆。
其實這是誤解，是初到臺灣的表面觀感，等時日一久，才知這些人原來是平埔族人，「彌山遍谷，多屬土番。這是後來他改口，且以一年不到時間，達到「相率還籍，近有其半。」的原因。

清朝治理臺灣本不是居於領土的野心，乃是防止漢人來臺聚眾為亂。因而在思想上就產生三個治台理念，也就是俗稱的「鎖台」政策。首先是為防止漢人移民來臺，實施了所謂「三禁政策」，這是施琅奏請康熙治台而獻的政策，大致內容如下：
1、 欲渡臺者，先給原籍地方照單，經分道巡臺道厦兵備道稽查，臺灣海防同知查驗，始許渡臺；偷渡者嚴處。
2、 渡臺者，不准攜家眷；既渡者，不得招致。
3、 粵地屢為海盜淵藪，以積習未脫，禁其民渡臺。
「三禁政策」尤其第一條禁令，直到同治14年（1875），因有日船遭颱風漂流來台，被當地番民殺害，日本以臺灣部份土地不隸屬清朝為由，藉故侵略臺灣的「牡丹社事件」為止，清廷才警覺到臺灣做為中國東南海上屏障的重要，決定全面實施「開山撫番」，將全島土地納入清朝版圖。
而於光緒元年（1875）解禁准許移民來臺，「鎖臺」幾近二百年，成為臺灣人直到清末，仍能延續平埔族血統的重要原因。
其次是施行「以番制漢」，讓台地皆由平埔族人耕作，使來台移民不但無地可耕，且無立錐之地。以釜底抽薪手法，杜絕移民來台。故清朝對台土地政策，不但禁止移民開墾番地，也禁止轄區內已漢化的「熟番」，開墾未漢化「生番」番地。
其原因，清朝也是外來民族，能以10萬兵馬統治中國，實超乎想像。如何安定中國統治，成為清朝政治重心。故對海外臺灣的治理，因恐分心成為累贅，本擬放棄不做是想。
最後在施琅等的建言下，決定領臺，其目地也是為統治中國計，防止臺灣成為亂源，故對蕞薾小島的臺灣領土佔有與吏治實非目標。
在此情況下，中國政治是否安定，滿清疑懼的對象，並非同為外族的臺灣原住民，倒是有心漢人。故對台治理，可謂「防漢甚於防番」，康熙曾言：
「臺灣屬海外地方無甚關係；因從未嚮化，肆行騷擾，濱海居民迄無寧日，故興師進剿。即臺灣未順亦不足為治道之缺。」
而會肆行騷擾，使濱海居民無寧日的，就是反清的漢人，故為防止漢人假借開墾為名，躲入山林聚眾為亂。或強佔土地，鼓動生、熟番造反，故而嚴禁移民、甚至是熟番，至番地開墾。
康熙54年（1715）統治臺灣已超過30年的康熙皇帝，猶對移民是否侵入，統治較弱的南北番地十分關心，詢之於臺廈道陳璸。而了解「防漢甚於防番」重要性的陳璸，於是答言：
「臺灣原無荒地；南北路荒地雖多，俱是土番鹿場。他們納餉、養家，俱於是出。若將此荒地墾了，便沒了鹿場、便失了生業。所以撫臣久經出示嚴禁，不許土棍人等，往南北路藉名開墾、擾害土番，方得相安無事。」（二六七80頁）
臺灣指的就是嘉南平原等，清朝統轄地區，早被當地平埔族開墾完成，故說「原無荒地」。至於往南的屏東，以及較北的員林、彰化等地所謂南北路，卻是當地平埔族人打獵的鹿場，不僅禁止漢人，連當地的熟番所謂「土棍人」也是禁止前往開墾的。
這個政策，即使後來因南部平埔族人口繁衍過盛，須往外到別族番地墾佃，為掩番身擡高身價，以閩粵語假託移民，尤其造成許多番民爭地問題，清朝猶強意執行到底。
甚至康熙60年（1721）朱一貴反清，部份武官藉機，以為可在叛反番社土地上設庄招墾。雍正也因感念這些人平亂之功，雖曾下旨斥責，卻無取締，直到乾隆上台，不僅下令禁止，沒收墾田歸番外，並將佃首流放，佃民逐水回中國，並對當時許多官員懲處，對民墾番地事下令「永行禁止」。
清朝「以番制漢」政策，道光、同治仍奉行不逾，直到光緒年間，發生日本侵台的「牡丹社事件」，清朝才意識到臺灣重要，決定「開山撫番」取消禁令。

清朝因恐治台，增加其財務負擔。因滿清統治中國已屬困難，若因治理臺灣貽誤中國，豈非因小失大。
故對治理臺灣，也要求自給自足，不但不改革明鄭在臺不合理的賦稅制度，皆以「照舊」兩字，沿襲明鄭時的苛稅。這些苛稅，尤其對平埔人非常不公，康熙33年（1694）高拱乾著《臺灣府志》說：
「諸羅34社土番捕鹿為生，鳳山八社種地餬口，偽鄭令捕鹿各社以有力者經營，名曰贌社（包社）；社商將日用所需之物赴社易鹿作脯，代輸作餉（稅）。國朝討平臺灣，部堂更定餉額，比之偽鄭時雖已稍減，而現在番黎按丁輸納尚有1、2兩至1、20兩者。」
以上係對打獵為生的平埔族所抽稅金。至於種地稅，又說：
「至種地諸番，偽鄭不分男婦，概徵丁米識番字者，呼為教冊番，每丁歲徵1石；壯番，1石7斗；少壯番，1石3斗，番婦亦每口1石。」
其中說到捕鹿的平埔族，其番丁稅賦之重，為當時清朝內地（中國）每丁徵銀2錢的10倍甚至數10倍。也是同處臺灣當時的移民，每丁徵銀4錢7分6釐的4、5倍甚至十幾倍。
這種一區多稅的不合理制度，直到康熙53年（1713），才下詔同意：「嗣後丁銀以50年丁冊為額，續生人丁為盛世滋生戶口，永不加賦。」
同意將康熙50年（1711）的丁數定為常額，對以後增加的人丁永不加賦的規定，但對原已編審的人，卻沒有減低或給予優待。
一地3、4種丁稅，對臺灣人十分不公，何況當時中國徵收丁銀早已攤入地糧，而臺灣獨無。
根據丁紹儀著《東瀛識略》說：「（康熙）55年，廣東疆臣請將丁銀，攤入地糧勻徵，雍正閒各省繼之，彼時臺灣未議攤也。（一四六13頁）
這種不合理的番丁稅，雖於雍正7年（1729），因許多同情臺灣番情的官員力爭，始得蠲免番婦丁口餉（稅），並同意以1石易3錢6分，折價徵收番丁稅，避免糧食歉收時米價騰貴，1石甚可賣至1兩5、6錢，增加平埔族人之負擔。
而臺灣此種不公平的番丁稅，直到清朝入臺50多年後，乾隆才發覺臺灣為東南屏障地位重要，於乾隆2年（1737）重新更改臺灣稅制，取消番餉（稅）的苛政，公佈上諭：
「聞臺灣番黎，大小計96社，有每年輸納之項，名曰番餉。按丁徵收，有多至2兩、1兩有餘及5、6錢不等者。朕思民番皆吾赤子，原無岐視，所輸番餉，即百姓之丁銀也。著照民丁之例，每丁徵銀2錢，其餘悉行裁減。」（二六四上108頁）
以上係就番丁餉而言。此外，有田則有賦（稅），臺灣田賦則與中國不同，中國只有田，但臺灣兼有園，無水之旱地曰園。丁紹儀在《東瀛識略》一書中又說：
「內地田賦每畝科銀1、2釐有奇至1、2錢不等，米則3撮起至7、8升而止，即江浙漕糧最重亦止每畝科米1斗9升。臺灣則每甲上田徵粟8石8斗，中田7石4斗，下田5石5斗；上園5石，中園4石，下園2石4斗。
……以2粟1米與每甲11畝零科計，每畝上田完（稅）米3斗9升零，下園亦1斗1升零；殆承鄭氏重斂之餘，未及議減而民不病者，地方有餘，無憂不足也。」（一四六14頁）。
臺灣的田賦是中國賦稅最重江浙的3倍，當時臺灣剛納入版圖，土地尚有餘，故無憂不足。但到雍正時，被統治已近50年，在人口滋生下，田地不足，加上重賦，已成為南部平埔族，不得不外出謀生，成為流民偷墾的主因。
而這種情況，直到雍正9年（1731）才發覺事態嚴重，下諭：「自（雍正）7年始新墾田園化甲為畝，改照同安上、中、下則例起科；計畝銀、米分徵，仍代納以粟。
也就是說臺灣田賦，可享受與福建同安縣同等的稅則，但徵收時則分為銀和米兩部份，而米糧可以粟代替。清朝也知歉收時，米價昂貴道理，故徵稅時規定要徵米的地方，可以粟代替。