荷蘭人治臺，可說是無意卻也留下許多貢獻。原來荷蘭人只將臺灣視為對中日貿易的中繼站。不久，荷蘭人即發現臺灣是塊富沃的土地，不但產鹿，漁獲量十分充足，西部大片平原適合耕作，種植稻米、甘蔗，且原住民性情溫和極易統治，於是改變策略開始經營臺灣。
為了開墾荒地需要大量人力，在有限荷蘭人管理下，於是採用荷蘭教會建議教化當地原住民，和唆使華人來臺開墾二政策並行的方式，加速西部平原的開發。
為教化原住民，1627年開始差派許多宣教士來臺。初期只對赤崁附近的平埔族加以教化，後來隨著荷蘭統治疆域的擴大，教區逐漸擴大，1661年統計光是派遣來臺牧師就有30多位，對早期臺灣的教化貢獻很大。可惜因是殖民地，常被醜化而抹殺其貢獻。
1624年到1635年，可說是荷蘭人致力平定赤崁地區的一個時期，由於統治初期不只平埔族不滿，原來在臺貿易的日本人也不滿，因而發生影響荷日間貿易的「濱田彌兵衛事件」。因該事件涉及新港社頭目理珈，使得社民多人被捕，引起新港社反抗。
加上漢人煽動，說荷人據台對彼不利，因此赤崁四社全面起而反抗。群居萬人左右的麻豆社也在1629年起來殲滅荷兵54人，荷人當時雖欲征討，卻仍無力。所以這時期，可說是荷蘭人一面致力改善與日本貿易，一面出兵平定赤崁附近平埔族的時期。
臺灣雖說是殖民地，但荷蘭人透過教會對臺灣的教化，卻是極為用心的。
尤其是初期，臺灣尚未開發，到處充滿瘟疫、死亡和虐疾，連中國人都不敢去的地方，他們卻自願前往，不只學習他們的語言，以聖經編造文字，並長住在那裏，教化平埔族人。這種犧牲精神，若不是有宗教的熱誠，是無法做到的。
可惜，這些有愛心的宣教士，由於教會財力不足，為達宣教目地必須依附於荷蘭東印度公司，兼理一些行政工作，因此為人詬病，說成殖民統治者工具。然而不管如何，其對臺灣的教化，深入窮鄉僻壤，仍是令人讚嘆的。
為了教化原住民，荷蘭分別在1627年和1629年派來甘迪士牧師（Rev. George Candidius）和尤尼斯牧師（Rev. Junius）2人，開始以赤崁附近的新港社為對象，學習當地「新港語」。
1627年甘迪士牧師首在新港社宣教，翌年聖誕節前，即有100多人可誦主禱文。中間雖發生讓新港人疑懼的「理加」事件，所謂理加事件是日人唆使新港社頭人理加等16人代表臺灣赴日，參見日本幕府控訴荷蘭人請求日本出兵。
荷蘭人治臺，採取對原住民懷柔，以及對移民招墾二方式並行政策。在懷柔政策上也以尊重原住民做法，譬如說在教化內容上，也多以原住民語言為主。對於徵用原住民土地，像建大員的土地，也能以康甘布15匹向新港社換取。
基本上，荷蘭在統治初期，尚知其為外來者，在尊重原住民原則下免其稅賦。直到1644年3月，召集南、北和東部會議，為扶助各地教育，令其繳納教育每年所需米糧，各部落皆喜從命，又要求各社給移民耕作的農地，每甲繳納2勒阿爾（約16錢），統計到1644年底，可收入700勒阿爾。
1624年荷蘭人初抵臺灣，就發現臺灣出產好米，而平埔族當時的風俗，是由平埔族妻子從事耕耘，而丈夫從事打獵、戰鬥的工作。而且臺灣鹿皮很多，每年可得20萬張。
臺灣魚獲量又豐富，許多中國漁民因此會搭舢板船，來臺灣沿岸捕魚，尤其是烏魚。此外，在臺窩灣每年有百艘中國戎克船來此，與平埔族互市，買賣鹿皮和鹿肉。
針對這些情報，於是開始規劃臺灣，祈使能先從荷蘭屬地，招募華人帶頭來臺開墾耕地。移民初期免稅，但到1640年時9月起則開始徵收丁口稅，每人繳交1/4勒阿爾（約2錢）。同時因應臺灣教化發展所需，開始對「短期」來台人士徵收人頭關稅，每人1勒阿爾（約8錢），並開始徵收進出口稅一成。
荷蘭人想在臺灣抽稅，對日本人亦然，想抽1/10的稅，但又怕傷害，原與日本建立好的貿易關係，故改稅名為安全貿易保護費，但被日本人以他們更早來臺為理由，加以拒絕。
事實上，日本人早在萬曆21年（1593）就想招降臺灣，當時的大將軍豐臣秀吉，曾遣使呂宋的特使原田孫七郎，致書給當時稱為「高砂」的臺灣，祈能向日本朝貢。
但臺灣當時僅是由數千個小部落組成的國家，故無能給予回音。而後日本內戰由德川家康取得政權，為鼓勵海外貿易，特頒「朱印狀」給出海的商船，並於萬曆37年（1609），派有馬晴信來臺，並到東海岸探險。
萬曆43年（1615）取得對臺朱印狀的長崎代官村山等安，自行招募人員4,000人，集資編成戰船13艘企圖遠征來臺。不幸途中遇到颱風，部份飃至南洋，部份飃至淡水、安平及打狗（高雄）等地而告失敗。
後來雖聞日本將有攻臺之舉，但對當時剛建國的幕府言，國內政事繁多，加上怕天主教危害政權，於1636年起實施「鎖國政策」，攻臺之舉因此無疾而終。日本人雖因鎖國不再侵臺，但對臺灣成為其屬國之觀念耿耿於懷。
荷蘭時期移民在臺者不多，統計1640年的人頭稅，得知有移民3,560人。事實上，當時短期來臺貿易的人士增多，且移民多採春耕秋回的方式耕作，荷蘭人皆以較高的關稅抽稅。而在這一年，菲律賓因華人抗議西班牙重稅起而反抗，遭屠殺者有2萬多人，有一小部份逃來臺灣。
1648年中國發生戰爭，不只中台貿易減少，而移民逃來台者更多。當年9月15日荷蘭商館日誌記載：
「據大員的長官和評議會的信函，自中國輸入的貨品極少，逃出的中國移民甚多，已超過了七千人，故糧食尤其米糧頗感缺乏。（二五九 423頁）
而陳紹馨著《臺灣通志稿》，其中人民志也談到荷據時期臺灣人口，說：「1648年，因大陸戰亂連綿，饑饉游臻，臺灣漢人驟增為2萬人，皆從事農業；但因多人驟然入臺，極難安插；故再回大陸，亦屬自然。」據說，饑荒一結束，就有八千多人回歸中國（二五九 423頁）。
臺灣從1644年起，開始限制移民來臺，在南、北及東部會議，不只要求各部落驅逐移民。1645年更禁止移民前往北部地區。1646年，荷蘭商館日誌中記載：「中國人來到臺灣愈多，我們將很難保持該島為自已的領土。（二五九 415頁）
荷蘭據臺前，臺灣本是日本人和旅日華僑，與中國商賈等，會同交易的場所，其中最大勢力為李旦。明天啟4年初（1624）派其義子，由日本來臺擔任通譯。次年，李旦病逝日本平戶，臺海霸權幾乎落入，亦官亦盜福建把總俞咨臯手中。
鄭芝龍開始召集李旦舊屬，迨至天啟7年（1627）擁船700艘，並攻打俞咨臯所據的廈門。並以俞咨臯經驗，自願就撫於明朝，發展亦官亦盜的海上勢力，當時明朝又禁止漳州人販海，故鄭芝龍成為據臺荷人，必與之貿易對象。
荷蘭人於是利用邀請鄭芝龍，參觀荷艦機會，脅迫與之簽訂「自由貿易協議」。雙方約定每年互相提供所需生絲、砂糖和胡椒等物。
但此貿易，後來卻為鄭芝龍叛反部屬李魁奇破壞。鄭芝龍戰敗，而李魁奇對荷蘭人索貨高價，逼得荷蘭人於崇禎3年（1630）回頭與鄭芝龍另一叛反部屬鍾斌合作，打敗李魁奇。
而鍾斌所訂的貿易協定，又不為荷蘭人滿意。不久，鍾斌又為鄭芝龍所敗。於是開始彼此間短暫的貿易。不料不久，明朝又有山寇鍾凌秀、海盜劉香等崛起，使明朝於崇禎5年（1632）又頒佈「禁海令」。
