日本想佔領臺灣，早源於荷蘭統治時期，後因德川幕府採取「鎖國政策」作罷。往後的日本也與中國一樣，飽受列強的侵略。
德川寬政4年（1792）被俄國強迫打開北部門戶，爭奪千島群島和庫頁島。德川安政元年（1854），又在美國壓力下，被迫打開門戶。這些舉止引起日本恐慌，開始有人提出海防建國等富國強兵政策。
為防範來自歐美、俄國的威脅，遂有北進、南進和進出中國之議。目睹了幕府腐敗，與對外的無能，主張還政天皇，以「尊王攘夷」帶動日本維新運動，大思想家吉田松陰就曾提出他的經國大計，主張：「北取滿洲，南治臺灣、呂宋諸島。」
而「其中最容易攻取的是朝鮮、滿洲和中國」，但此建議不為幕府採用。直到慶應4年（1868），鳥羽伏見之戰爆發，第十五代將軍德川慶喜下台。明治天皇親政，是為明治元年（1868）。
明治天皇十七歲始政，可謂多事之秋。不僅幕府遺留的龐大外債，與外國簽訂的不平等條約。甚至連掃蕩擁幕派的經費都沒有，需強索富豪「樂捐」方能舉事。
早期日本因鎖國故無海軍，明治初期財政枯竭，暴動迭起，軍隊多用於鎮壓。對於海軍尚不重視隸屬在陸軍底下，直到西南戰爭，因需跨海與九州作戰，海軍始在海軍大佐，山本權兵衛的策劃下開始建軍。這時恰遇俄國在西伯利亞舖設鐵路，欲將勢力延至韓國直接威脅日本。這種情勢引起有心之士擔憂，「征韓論」成為攸關日本存亡的言論。
當時日本國力薄弱財務拮据，未足與俄國對抗。然在此危機意識下，日本天皇以身作則，自掏腰包捐款建造軍艦。舉國深受感動，全國官吏也都捐出所得1/10造艦，這是日本海軍建軍的起始。但日本海軍成軍後不久，即遇到也剛成軍的中國北洋艦隊。
因韓國爭議，明治24年（1891），中國將北洋軍艦開至日本橫濱示威。接著，俄國也覬覦日本，同年派出東洋艦隊在橫濱入港，想不戰而屈人之兵（一四八111頁）。這對「武士道」自許的日本，皆視為奇恥大辱。迫於當時無造艦能力唯有忍耐，但以中國和俄國海軍為假想敵的訓練因而展開。
明治15年（1882）朝鮮李朝，發生開化黨與事大黨對立，引起靠山中、日兩國衝突。而為謀求朝鮮獨立，當時「閔妃」又企圖引進第3勢力，推動聯俄政策，這舉措更引起中日兩國不滿。
明治27年（1894）韓國發生「東學黨之亂」，以崔濟愚為首，利用佛釋道三教道理，標榜革新和攘夷，使信奉農民起來作亂。因亂甚大，政府無力壓制求助中國。因此出兵的中國，卻違背明治17年（1884）與日本簽訂的天津條約，「中日兩國同時出兵」的協定。
為了統治臺灣，明治28年（1895）4月24日，上任的臺灣總督樺山資紀與民政長官水野遵，在馬關簽約後即從日本橫濱出發來台。並在琉球與原駐守旅順，北白川宮能久親王率領的近衛師團會合準備接收臺灣。臺灣當時局勢紊亂，雖然中國深恐臺灣抗日，影響遼東半島歸還問題，對台發出禁輸武器命令。
且命令所有官員撤出臺灣。但仍無法阻絕反對馬關條約的人士在台的抗日。臺灣以唐景松、丘逢甲、林朝棟等人為主，在5月15日發表「臺民佈告」，表明臺灣將以獨立建國方式，作為抗日方針。並於5月23日發表「臺灣民主國自主宣言」。
後來證明，這些以中國部隊為主體的「臺灣民主國」實不堪一擊。5月29日從澳底登陸的日軍，3日內不到10人死亡，即攻下瑞芳和基隆，台北更是不費一兵一卒，在臺灣人辜顯榮的帶領下輕易佔領。
而南下的戰役，像彰化、嘉義、台中、高雄、台南等與中國兵交戰的地區也皆如此。高雄，甚至只在船艦上發幾聲響炮就都投降。而原本以為必會激戰的台南，更是在英國傳教士的引導下，和平的進入府城。
表面上「臺灣民主國」已徹底失敗，臺灣的戰爭似乎已結束，但結果卻相反。臺灣表面上雖說已漢化，事實上卻是平埔族的幻身。平埔族在臺灣至少已歷數千年，雖然到荷西時期仍無法形成一個國家。
前期武官總督時期，指的是明治28年（1895）臺灣首任總督樺山資紀，第二任總督桂太郎，以及第三任總督乃木希典等3人。
這時期因日本初領臺灣，故其治台的方針，係以平定臺灣動亂和避免征台日人死亡為主。
首先被委以重任，則為鹿耳島人薩摩出身的樺山資紀。他曾在「牡丹社事件」中，以少佐身份隨軍來台，因此在甲午戰爭後，也以權威身份被派來台。
而同行的臺灣民政局長官水野遵，則曾在明治3年（1870）留學中國，被視為接收臺灣，可與中國談判的人才而被任命。日本人來台初期，除了面臨臺灣人激烈反抗外，接踵而來的困難也很多，其中最頭痛的就是水土不合。臺灣瘴癘之害，甚至連中國移民都無法倖免。
康熙36年（1697）郁永河就曾在《裨海紀遊》形容臺灣瘴癘為害之大，他說：
日本攻台，在臺灣道路幾為雜草小徑下，鐵路便成為南下攻台捷徑。樺山總督來台後即成立臺灣鐵路司令部，自任隊長，並請遞信省鐵路技師小山保政為司令。向日本中央提出了建設臺灣鐵路、道路以及興建基隆港等建議。
此建議得到日本政府同意，並撥出10萬元委託增田禮作博士來台調查。小山保政先以整頓清朝遺留的鐵路為起點，雖然當時興建的鐵路十分粗陋，且部份鐵軌被破壞，枕木亦有佚失，此外，可用火車頭僅只1部。
但作為攻台前進的重要交通，日本早在接收前，就已招募100多位鐵路員工，並已備妥所有軌道、枕木、磚石和水泥等，委由日本廠商大倉組負責同時運送來台。
由於臺灣鐵路，從基隆到新竹間總計14個車站，除土埆厝車站，都沒有月台故需重建。為了收購土地，日本採用照價收買的徵收方式，像台北車站，向附近80個地主，以1坪1元代價徵收，而房屋則以每戶8元，茅屋每戶3〜5元補償對方，這個價錢就當時言，是極好的價格，但做為日本領台時，收買人心仍是合理的，此次收購總計花費3萬2千多元（二三○92頁）。
鐵路攸關攻台急需重建，但來台參與鐵路建設300多位員工，一開始就有180人病倒，其中多數死亡。使得鐵路開工不到半年，離台竟達280多人。北部鐵路改建雖困難，但在小山保政努力下，最後仍完成基隆到新竹的改建。
為了教導臺灣9成以上不識字的人，臺灣總督在未登陸前，就任命後來成為臺灣第9任總督伊澤多喜男的大哥，也是信濃國高遠藩士出身的伊澤修二為學務部長先來台考察。
他隨軍一入台北城後，就在大稻埕設置學務事務所，不久後遷至芝山巖，委任楫取道明等六位教師正式開學。
不料卻在明治29年（1896）元旦，發生日本舉國震驚的「芝山巖事件」。這件代表日本教育精神的「芝山巖事件」，是因教學所在的芝山巖，常遭抗日人士侵襲，故有學生勸他們離去，但卻被拒絕。
以臺灣既由清朝正式簽約交予日本，在台作亂即為不忠，豈可因彼等不忠，而放棄自已的教育職責。楫取道明答以：
「我等為國家而不惜生命，一旦逃走豈能盡教育者本分？」（二三○216頁）
明治29年（1896）6月，臺灣第2任總督桂太郎上將就任，這位日本長州人，後來成為主導日俄戰爭的首相，就任臺灣總督雖只4個月但實際在台卻不到10日，那是特別陪伴伊藤博文和西鄉從道而一起來台視察的。
就在桂太郎就任臺灣總督後不久，伊藤博文辭去首相由松方正義組閣，欲聘請曾任臺灣副總督的高島鞆之助為陸相，但遭日本權貴山縣有朋反對，改讓桂太郎任陸相，桂太郎因涉及權位之爭故提早回到日本。
可以說桂太郎在台的施政完全由水野遵決定。而這個時期卻是臺灣反抗日軍最激烈的時期。臺灣的抗日表面理由雖很多，但重要的則是日本人來台，不但侵入平埔族的地方領域，且各地角頭也害怕權利被取代，於是臺灣的抗日，則由角頭帶領在臺灣各地分頭展開。
臺灣北部的抗日以胡嘉猷、李林成等人為首，在陳秋菊響應下開始攻擊日兵。明治28年（1895）日本來台，即謠傳日人來台目的僅為搶劫。恰巧總督府又採取經濟管制制度，9月頒佈「砂金採礦規則」，對過去自由開採的砂金採許可證照制。
並要求徵收「證鑑稅」，引起台北、宜蘭間採礦者的不滿。加上日本來台時的腐敗，引起他們的憤怒。於是以胡嘉猷為首，率領抗日兵760人，在明治29年（1896）元旦，開始攻擊日兵。他們包圍台北、淡水並攻入宜蘭。此次動亂不僅打碎日軍已全面佔領臺灣的夢，為平定此次動亂，總督府不僅向新竹借調駐軍，也從廣島借兵來台才得以平息。
事實上，乃木總督時期，除以高壓政策防止臺灣人抗日外。當時中國義和團興起「攘夷」運動，臺灣也受影響議論紛紛。為防止謠傳中國抗日人士來台，日本除於明治29年（1896）元旦，發佈「清國人偷渡與登陸條例」（六九1054頁）。
嚴格管制中國人來台。同時對居留在臺灣的「清國人」，也明定兩年自願歸順期限，在明治30年（1897）5月8日後，除非已遭應允否則視同外國人管理。被限制入境的「清國人」，直到明治33年（1900），臺灣開始鐵公路及各種公共建設，需要大量勞工，才又制定「清國工人管理規則」，公佈允許短期中國工人來台，統計當時在台居留的中國人數計有7千多人（六九1058頁）。
而對不願做為日本人的臺灣人亦然，也規定在5月8日前申報，若不申報則以日人視之。由於臺灣人抗日激烈，本以為會有大量人口移出。然而到該日宣佈要離台的，台北僅1,800多人，台南2,200人，全台總計4,500人，佔當時人口280萬人的百分之0點16，比例之低讓日人非常驚異。
既已確定臺灣統治人口，為維持臺灣治安，明治30年（1897）9月，乃木總督鑑於「徵兵」乃國民應盡義務，臺灣既入版圖，有意在台實施徵兵（六九1111頁）。
但因叛亂事件頻傳，唯恐台籍兵反成臥底，為匪養患。故先以總督府訓令，選擇在宜蘭、台東及埔里等3地試辦志願軍役，若成效良好，則可實施於全島。並在明治32年（1899）10月，公佈實施「新軍役規則」，以全島3個旅進行招募臺灣軍人。
雖說乃木希典的清廉是日本聞名的，尤其他一上台，就以「腐敗的大和魂，將會挑起臺灣人的利慾心」嚴格要求部屬，甚至埋怨來台官員薪水過高，結果引來反彈（二三○280頁）。
諷刺的是，就在他決心改革時，當時臺灣卻出現一位司法英雄，那就是明治29年（1896）就任臺灣高等法院的高野孟矩院長，高野院長是個正直又不苟情面的人。他在台只要日本官員涉案，甚至只是拿人一瓶清酒，他就會深究到底（七十135頁）。
由於他雷厲風行，舉發日本人罪行及日人在台造成的冤獄，造成日本朝野震動。也使臺灣日本官員人心惶惶，總督府民政長官水野遵，也因此被免職。
但最重要的是他更追究日本兵在台的犯罪行為，並揭發假借鎮壓實行殺戮的醜聞。尤其揭發「雲林事件」的濫殺，更是轟動日本，使臺灣總督府成為在野箭靶。以板垣退助、田口卯吉為首的在野黨及媒體，開始圍剿日本中央。
但因總督府官僚過於腐敗，高野孟矩舉發的案例過多，加上曾任日本國債局長，新上任的民政長官曾根靜夫，因日本政府盼望借其長才，使困難重重的臺灣財務得以重建，但他卻對外發言，若高野孟矩在台一天，他就拒絕上任。
由於臺灣混亂及持續抗日，使日本頭痛不已，甚至日本議會有人倡言以1億元賣給法國。而真正能終結臺灣此種亂象的，則是明治31年（1898）二月上任的兒玉源太郎總督，和後藤新平民政長官。
兒玉源太郎中將在台8年，他除是臺灣總督外，明治33年（1900）起也身兼日本陸相、內相和文相等重要職位。日俄戰爭時甚至以滿洲軍總參謀長身份出征。
因此他的政績，完全由總督府的民政長官對臺灣建設非常有貢獻的後藤新平負責。
後藤新平為日本岩手縣人，苦讀出身曾留學德國，歷任日本內務省衛生局長。明治28年（1895）負責對甲午戰爭返國的兵員檢疫，採用有效的方法竭止病菌流行，為兒玉源太郎賞識。隨著兒玉總督來台，被聘為總督府「民政局長」後改稱為「民政長官」。
由於乃木希典的去職係因總督府人事腐敗，故後藤長官上台第1件事就是大刀闊斧整頓人事，將總數達1千多人的日本官員免職遣送回國。而對於那些自認攻台有功，且以為日後仍需依恃其力對抗臺灣反抗兵的軍方，過去總督都採放任態度，他們也常趾高氣揚的干涉行政，這是造成臺灣行政紊亂的主因。
臺灣各地雖有反抗，但以「生物學原則」治台的後藤新平，為開發臺灣，同時展開對台日後建設影響頗巨的3大調查。即土地調查、戶口調查和風俗舊慣調查。
土地調查開始於明治31年（1898）9月，成立了「臨時臺灣土地調查局」，動員八百人，不只對地形、地貌、面積加以調查，也確定所有權。因此使臺灣耕地，從原來只有36萬7千甲，增加到63萬4千甲。
土地稅收也從86萬元增加至299萬元，總計增加3倍（七十189頁）。同時為解決過去「大租戶」不斷轉租的不合理現象，明治37年（1904）將每年小租戶須支付大租戶，相當於土地收成1/10，總計為107萬多圓的大租額，以總督府發行，年期30年利息5分的臺灣公債，以及臺灣事業公債，總計367萬多元，全部以買斷方式，一舉消滅大租戶的存在，確定了臺灣土地國有政策。
這件被喻為與日本「廢蕃置縣」一樣偉大的政策，使臺灣小租戶及佃農直接取得土地免去層層的剝削（二三○86頁）。大租戶則可以債券，轉而投資工商業。
日本領台後，其中最辣手的就是臺灣衛生的改善，臺灣雖設立有大日本臺灣醫院，然因行政迭換，使得醫務工作無法落實，根據明治30年（1897）統計，當時臺灣多土著漢醫計有1,070人，而能識字把脈的僅有29人（二三○131頁）。
此外，雖有傳福音由英國和加拿大差派來台，在台北、台南、及彰化等地設立基督教醫院，有醫生數10人。這些醫生加上日本來台醫生，總計380人（二三○131頁），但仍不敷需要，由於衛生惡劣，急欲解決。這也是曾任衛生局長的新藤長官，所以被派來台的原因。
為改善臺灣惡劣環境，他從三方面著手。除延續改善「毒水」計劃外，並開始廣設醫院和實施都市計劃。臺灣在日本領台前，即以瘴癘聞名，從明鄭來台直到日本領台，許多來台移民皆死於疾病。尤其是初來的日本人，為平定臺灣之亂，深入僻野，死亡更是不計其數。
根據統計，因染病而死的人數，比平亂死去的人多出數10倍，其中也包括在北斗附近陣亡的北白川宮能久親王。因此如何治理臺灣毒水，便成為日本治台的一大考驗。為此，日本在領台初期，即請來負責設計日本東京下水道，英國籍巴爾頓（William K. Burton）及其弟子濱野彌四郎來台。
濱野彌四郎，日本千葉縣人是曾任臺灣醫院院長濱野昇的兒子，東大就學時受教於巴爾頓。明治29年（1896）來台就任臺灣總督府首席技師，與其老師巴爾頓展開三年的水質調查。不幸巴爾頓卻因此染上瘧疾，返日醫治，以43歲英年病逝東京（二三○105頁）。
對於臺灣都市環境的改善，後藤長官先在明治31年（1998）成立台北和基隆市區計劃委員會，開始基隆和台北的整建。
隔年，即頒佈台北「市區計劃」，做為台北市重建依據。他首先拆除台北城牆，並利用城牆遺址，在今忠孝西路位置上，闢建寬45公尺，兩旁植樹的3線大道。同時考慮臺灣的氣候，時有驟雨，故要求街市建築要有「亭仔腳」（騎樓）。
此外，為改善過去住宅陰暗、潮濕與惡臭，他頒佈臺灣首部建築法令，「臺灣住宅建築規則」，與「臺灣污物掃除規則」，傾力都市環境的改善。
對於都市的改善，除台北實施「市區計劃」外，按著年代順序，另有明治33年（1900）台中市、明治35年（1902）嘉義市、明治38年（1905）新竹市、以及明治39年（1906）彰化市等的市區計劃。
而台南、高雄、屏東等地的市區計劃，因進行下水道工程故實施較晚，分別於佐久間總督任內，方才發表。
此外，為建構臺灣的醫療設施，明治34年（1901），後藤長官制定「臺灣醫師資格規定」，開始推行臺灣醫療的近代化與制度化。同時為確保衛生改善資金的由來，他設立「公共衛生財團」，規定民營市場、屠宰場、以及市街庄等公營事業皆須徵收租金，做為地區衛生改善和傳染病預防費用。
由於臺灣醫院無法普及鄉下，後藤長官修改總督府的醫療制度。將屬於地方行政機關的醫院，改由總督府直轄。讓總督府可在各地廣設醫院，增加人民就醫機會。然而為了讓醫師能自願下鄉，他以總督府命令頒佈「臺灣公醫規則」，讓許多醫師成為公醫，派到指定的地區去從事醫療工作。
這些公醫先在日本招募，使不同地區享有不同待遇。一等地月俸為50圓，二等地70圓，三等地為100圓，至於邊區則享有更優沃待遇。如此方能使他們甘願冒著生命危險，與瘴癘、惡水、凶刀甚至和子彈奮鬥。
此外，這些公醫也須在責任區內，負起指導警察做防疫、檢查及教育等的衛生工作。這個制度實施後，在日本起初即有100多人報名參加。臺灣的公醫制度，可說源於傳教士，後藤長官來台後發現這些來台的傳教士，都願為宗教理由，深入鄉區從事醫療。他曾在演講中說：
「從外國的殖民地政策來看，任何國家都是用宗教力量來輔導統治。現在已證明，外國傳教士兼醫師的感化已成見效，可見依賴精神信仰來達成目的是可行。……然而我國卻沒有完全的宗教，但為達到同樣拯救人心的疾病，以及促進國家統一的政策，那就是要採用公醫制。」（二三○137頁）
日本領台之初，做為前進的交通工具，由小山保政負責修建的劉銘傳鐵路，仍屬臨時性的。全台的鐵路建設，則是在明治33年（1900），在兒玉總督任內，由長谷川謹介開始建設的。這條費時9年才完成的鐵路，對臺灣日後建設貢獻無可言喻。
長谷川謹介，日本山口縣人，生於1855年，明治10年（1877）畢業於「鐵路工技生養成所」，歷任岩越鐵路會社總技師。明治31年（1898）來台擔任「臨時臺灣鐵路技師長」。
來台後的長谷川，重新對臺灣鐵路的建設加以調查，發現不僅劉銘傳所留鐵路全須拆除重建，而且也須同時建設鐵路沿線港口。蓋當時臺灣港口雖有27處，但都是小港，甚至連基隆和高雄兩港，都無法提供足夠讓鐵路材料運送的大船出入。
在長谷川指導下，臺灣鐵路分基隆、新竹、台中、嘉義四區同時進行。這個從基隆到高雄，縱貫總長405公里的鐵路，終在明治41年（1908）4月正式通車。為慶祝鐵路通車，特別選在台中公園舉行，因此特別建設的台中公園，其遺址存留至今。
除了縱貫鐵路建設外，日本更就各樣需要，建設各種輕便鐵路，像運糖廠用的鐵路，林業用的鐵路，總計到大正4年（1915），總計建設臺灣鐵路總長，共計1,604公里（二三○94頁）。
兒玉總督治台4大事業，其中1項就是對臺灣港口建設提出長期計劃，並建設基隆港使成為國際港。而其中最有貢獻的，首推在明治41年（1908）來台的川上浩二郎博士。
川上浩二郎，明治6年（1873）生於日本新潟縣東谷村，東大畢業後，負笈歐美訪問後回國，任職臺灣總督府臨時工事部技師，第2年，便被委派為基隆港工程的辦公所所長，專門負責基隆建港事宜。
日本領台前，臺灣南北交通可謂完全仰賴水上交通，因無公路，臺灣交通在清治時期都為羊腸小徑，過河多靠竹筏，遇雨則泥濘不堪，土石橫流幾不可行。
加上居民多為平埔族，個性閉鎖，村落間交通已不易。同時為防止族群間鬥械，或可能的聯結抗清，使得清朝統治的200多年，臺灣交通建設幾乎沒有，在路上交通十分不便下，臺灣從荷蘭時就存在，總計約27處的港口，就成為來往南北交通的要道。
然而這些平埔族居住的港口，雖因漢化歸清統轄，其中包括在天津條約和北京條約逼迫下，須對外開放的安平、淡水以及同治2年（1863）開放的基隆、高雄等港，迄至日本領台，都僅能提供中國戎克船（帆船）等小型船隻進出而已。
日本來台時，還有1件為害臺灣甚鉅的事，那就是許多人吸食鴉片。這在中國是稀鬆平常的事，雖然中國在清道光19年（1839）曾因林則徐在上海禁煙，而與英國發生鴉片戰爭，但戰敗後的中國就不再強制管束，以至於吸食人口逐漸增加，直到民國38年（1949）整個中國赤色後，在共產黨嚴法管制下方才根絕。
當時吸食人口據稱有3億之多（二三○145頁）。甚至蔣介石時代，還結合上海黑幫杜月笙共同販毒謀利。而臺灣吸食鴉片問題同樣嚴重，故明治28年（1895）樺山資紀總督上任，就企圖以強硬手法禁絕，然而成效不彰反引起更大動亂。
事實上對於臺灣鴉片問題，後藤新平早在臺灣接收時，就曾以內務部衛生局長身份，向當時兼任臺灣事務局長的伊藤博文，提出「關於臺灣鴉片制度意見書」說明他對鴉片的看法（二三○147頁）。
翌年4月，也在他的建議下頒佈《臺灣製藥所組織規則》，並任加藤尚志為所長，所謂「製藥」就是允許臺灣從事「鴉片」的製作。
根據後藤新平的想法，他以為強制禁絕鴉片帶來動亂，倒不如分二階段禁絕，一面對未食者嚴禁，一面對已食者採取懷柔的「漸禁政策」，這樣不但可避免臺灣的動亂，疏解臺灣的財務赤字問題，並將鴉片收益作為改善臺灣衛生環境的主要經費。
就在兒玉總督和後藤長官努力建設臺灣之際，不料明治37年（1904）發生了日俄戰爭。原來明治28年（1895）甲午戰爭後，日本原可指望接收遼東半島，卻在俄、德、法以維護東洋和平為由，逼日本歸還中國。
然而不久後，俄國卻反以租借為由佔領了遼東半島，並在旅順、大連構築工事。而英國也佔有九龍半島和旅順附近的威海衛。法
國並租借廣州灣，德國也租借膠州灣。這些不顧「東洋和平」的舉措，更使日本舉國譁然，認為奇恥大辱，尤其是俄國不斷增兵韓國和東北，更使日本如芒在背，俄國遂成為日本臥薪嚐膽不得不打敗的對象。
尤其明治35年（1902）時俄國完成西伯利亞鐵路，不僅直接威脅歐洲的英國，而其遠東政策更是威脅到日本的生存。因利益一致，英國不僅放棄過去與日本簽訂的不平等約，且為鼓動日俄衝突同意簽訂日英同盟。
答應不使俄國波羅的海艦隊經過英國屬地，使日本能專心在中國東北的戰役。雖然如此，但經濟和軍隊實力仍有巨大差距的日本，在毫無獲勝把握下一再避戰。
理番總督就是指臺灣第5任總督佐久間馬太，他是日本長州人，牡丹社事件時，曾以中佐身份參加臺灣遠征軍，是臺灣總督任期中最久的1位。他在位不久，後藤新平就被調往滿州，餘缺由祝辰巳接任。
祝辰巳在明治29年（1896）來台，歷經財務、專賣、殖產及糖務等局長，治台閱歷豐富，為後藤新平推薦。可惜病逝於明治41年（1908），死時沒有任何遺留財產，其廉潔作為頗為時人敬重和樂道（七七99頁）。
接任祝辰巳的是當時警視總長大島久之滿。基本上，大島長官因在平定抗日游擊隊有功，佐久間總督有意借其經驗平定高山原住民。可惜因涉及臺灣林本源圖謀設立製糖會社的賄款，以及阿里山林業放領的貪污案，不得不下台。
繼任者為東京帝大法科畢業的內田嘉吉。過去他與臺灣毫無關係，但因曾是滿鐵創立委員，為後藤新平賞識，故而推薦來台擔任民政長官，為佐久間總督重用。
日治初期臺灣的動亂，曾一度使得日本朝野心灰意冷，故有人倡議以1億圓售予法國，雖不獲通過，然而到了兒玉總督時間，啟用後藤新平為民政長官，頒佈「匪徒刑罰令」，才使臺灣動亂平息，開始確立日本治台的威信。
佐久間總督在台期間，也曾為臺灣完成1件過去總督無法做到的事。那就是禁絕臺灣尚存的許多舊習俗。
原來中國當時發生一件大事，那就是孫文領導中國的革命，雖然孫文歷經10次革命失敗，終於在明治44年（1911）10月10日，第11次武昌革命起義成功。
這件與當時日本治理臺灣無關的中國革命，卻為佐久間總督離台前夕，完成一項治台以來，歷經數屆總督努力都無法完成的事，即改正臺灣人的不良習俗。
臺灣的不良習俗，有髮辮、纏足、長袍與吸食鴉片。這些不良習俗中，尤以髮辮、纏足與吸食鴉片，更被自認爲文明，與世界先進國家等量齊觀的日本人，視為奇恥大辱。早期臺灣的叛反，就與逼迫這些舊習俗的改變有很大關係。
這種抗爭，尤其在明治30年（1897），決定台民去留的5月8日達到高潮。民間普遍謠傳「若要成為日本臣民，男的須把辮子剪掉，女的不得纏足，禁吸鴉片，並要施行徵兵制。」（七十131頁）
